8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.3. 分析入门

8.3.1. LAMMPS 的输出（thermo, dumps, computes, fixes, variables）

8.3.2.使用chunks计算系统属性 

8.3.3.使用分布式网格 

8.3.4.计算温度

8.3.5.计算弹性常数

8.3.6.计算热导率

8.3.7.计算粘度

8.3.8.计算扩散系数

可以使用 LAMMPS 中的各种选项以至少 2 种方式测量材料的扩散系数 D。请参阅examples/DIFFUSE 目录，了解实现此处讨论的简单 Lennard-Jones 流体模型的 2 种方法的脚本。

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第一种方法是通过compute msd 命令测量系统的均方位移(MSD)。 MSD 与时间的斜率与扩散系数成正比。可以通过fix vector ​​​​​​​命令将瞬时 MSD 值累积在向量中，并通过variable slope函数对向量进行直线拟合以计算其斜率，从而提取 D。

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第二种方法是通过compute vacf ​​​​​​​命令测量系统的速度自相关函数(VACF)。 VACF 的时间积分与扩散系数成正比。可以通过fix vector ​​​​​​​命令将瞬时VACF值累加到矢量中，并通过variable trap功能对时间进行积分，从而提取D。