使用PyInstaller打包一个包含多个文件的Python项目涉及以下几个步骤：

1. 安装PyInstaller：
   如果你还没有安装PyInstaller，可以通过pip安装：

   pip install pyinstaller
   

2. 编写.spec文件:
   PyInstaller允许你创建一个.spec文件来指定打包的详细参数。如果运行pyinstaller时没有.spec文件，PyInstaller会为你的应用生成一个默认的.spec文件。可以手动编辑这个文件来包含非Python文件，比如图片、数据文件等。

   运行以下命令生成spec文件:

   pyinstaller --onefile your_script.py
   

   这将生成your_script.spec文件。现在你可以编辑这个文件来添加其他非代码文件。

3. 编辑.spec文件:
   在.spec文件中，可以使用datas列表来包含额外的文件和文件夹。例如：

   a = Analysis(['your_script.py'],...datas=[('path/to/additional/files/*', 'destination_directory')],...)
   

   这里，'path/to/additional/files/*'是你想包含在打包文件中的文件的路径，'destination_directory'是这些文件在打包后的应用目录结构中的位置。

4. 构建项目:
   保存好.spec文件后，你可以使用PyInstaller来构建项目：

   pyinstaller your_script.spec
   

   PyInstaller会根据.spec文件中的配置来打包项目。

5. 检查打包结果:
   打包完成后，你会在dist文件夹下找到打包后的应用。如果是--onefile选项，应该会有一个可执行文件；如果没有使用--onefile，会有一个包含你的脚本和所有依赖的文件夹。

6. 测试打包的应用:
   运行打包后的应用，确保所有的功能都能正常工作。如果发现有文件缺失或路径错误，你可能需要回到.spec文件中对datas等参数进行调整。

记住，打包过程中可能会遇到一些问题，比如缺少某些动态链接库（DLLs）或其他操作系统特定的文件。这些问题通常需要根据项目的特定需求和依赖来逐个解决。在Windows系统上，你可能需要确保所有的动态链接库都被包括在内，而在Linux系统上，你可能需要关注权限问题或者特定的共享对象文件（.so文件）。