R语言学习 - 箱线图一步法

箱线图 - 一步绘制

绘图时通常会碰到两个头疼的问题:

1、有时需要绘制很多的图,唯一的不同就是输入文件,其它都不需要修改。如果用R脚本,需要反复替换文件名,繁琐又容易出错。 (R也有命令行参数,不熟,有经验的可以尝试下)

2、每次绘图都需要不断的调整参数,时间久了不用,就忘记参数怎么设置了;或者调整次数过多,有了很多版本,最后不知道用哪个了。

为了简化绘图、维持脚本的一致,我用bash对绘图命令做了一个封装,通过配置修改命令行参数,生成相应的绘图脚本,然后再绘制。

首先把测试数据存储到文件中方便调用。数据矩阵存储在boxplot.normal.data、sampleGroup和boxplot.melt.data文件中 (TAB键分割,内容在文档最后。如果你手上有自己的数据,也可以拿来用)。

使用正常矩阵默认参数绘制箱线图

# -f: 指定输入的矩阵文件,第一列为行名字,第一行为header列数不限,列名字不限;行数不限,行名字默认为文本
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data

箱线图出来了,但有点小乱。

图片

# -f: 指定输入的矩阵文件,第一列为行名字,第一行为header列数不限,列名字不限;行数不限,行名字默认为文本
# -P: none, 去掉legend (uppercase P)
# -b: X-axis旋转45度
# -V: TRUE 绘制小提琴图
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data -P none -b 45 -V TRUE

图片

绘制单个基因的小提琴图加抖动图

-q: 指定某一行的名字,此处为基因名,绘制基因A的表达图谱

-Q: 指定样本分组,绘制基因A在不同样品组的表达趋势

-F Group: sampleGroup中第二列的名字,指代分组信息,根据需要修改

-J TRUE: 绘制抖动图 jitter plot

# -L: 设置X轴样品组顺序
# -c TRUE -C "'red', 'pink', 'blue'": 指定每个箱线图的颜色
sp_boxplot.sh -f boxplot.normal.data -q A -Q sampleGroup -F Group -V TRUE -J TRUE -L "'zygote','2cell','4cell'" -c TRUE -C "'red', 'pink', 'blue'" -P none

图片
使用melted矩阵默认参数绘箱线图

# -f: 指定输入文件
# -m TRUE: 指定输入的矩阵为melted format
# -d Expr:指定表达值所在的列
# -F Rep: 指定子类所在列,也就是legend 
# -a Group:指定X轴分组信息
# -j TRUE: jitter plot
sp_boxplot.sh -f boxplot.melt.data -m TRUE -d Expr -F Rep -a Group  -j TRUE

图片

# 如果没有子类,则-a和-F指定为同一值
# -R TRUE: 旋转boxplot
sp_boxplot.sh -f boxplot.melt.data -m TRUE -d Expr -a Group -F Group -J TRUE -R TRUE

图片

参数中最需要注意的是引号的使用:

外层引号与内层引号不能相同
凡参数值中包括了空格,括号,逗号等都用引号括起来作为一个整体。

P9 R绘制箱线图01

P10 R绘制箱线图02

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/pingmian/17574.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

Python爬虫编写指南

一、确定目标 在开始编写爬虫之前,你需要明确你的目标。你想要从哪个网站抓取数据?你想要获取哪些信息?这些信息通常通过查看网站的HTML结构来确定。 二、选择工具 Python是一个强大的编程语言,有许多库可以帮助你编写爬虫&…

yudao 文件分片上传

FileController GetMapping("/file-url")Operation(summary "获取文件地址")ApiResponse(description "0文件不存在")OperateLog(enable false)public CommonResult<String> getFileUrl(String identifier) {String url0 fileService.…

大模型实战-动手实现单agent

文章目录 入口cli_main.py工具tools.pyprompt prompt_cn.pyLLM 推理 model_provider.py致谢 agent 的核心思想&#xff1a;不断调用 LLM&#xff08;多轮对话&#xff09;&#xff0c;让 LLM 按照指定的格式&#xff08;例如 json&#xff09;进行回复&#xff0c;提取 LLM 回复…

仅1天录用!3天见刊!这本毕业“水刊”,全科都收,极速上线!

【欧亚科睿学术】 01 期刊简介 【期刊类别】计算机工程类EI 【期刊简介】最新EI期刊目录内源刊 【版面情况】仅10篇版面 【审稿周期】预计2-4周左右录用 【检索情况】EI&Scopus双检 【征稿领域】计算机工程领域相关稿件均可。 02 征稿领域 该期刊发表有关计算机在各…

使用`War`包部署`Jenkins`(超级详细)

使用War包部署Jenkins(超级详细) 别着急&#xff0c;你看这年复一年&#xff0c;春光不必趁早&#xff0c;冬霜不会迟到。过去的都会过去&#xff0c;该来的都在路上&#xff0c;一切都是刚刚好。 网站说明 https://get.jenkins.io/war-stable/ war包下载地址 https://www.jenk…

Python | R | MATLAB群体消息和遗传病筛选多元统计模型

&#x1f3af;要点 &#x1f3af;概率分布结构模型&#xff1a;有向无环图模型结构、部分有向无环图、动态贝叶斯网络、结构方程模型、广义噪声或模型、连接树、聚类图、因子图、马尔可夫链 | &#x1f3af;多类分类模型&#xff1a;朴素贝叶斯分类器、求和朴素贝叶斯分类器、…

合作伙伴推广不积极?跟奖金到账时间有关!

在推广返现活动中&#xff0c;对于合作伙伴推广者来说&#xff0c;奖金是否及时到账是他们最关心的问题之一。如果品牌主一直不审批奖励数据&#xff0c;推广者则无法及时收到奖金&#xff0c;这很容易影响他们的推广积极性和忠诚度。怎样能够提高奖励审核的效率呢&#xff1f;…

java中Future使用详细介绍

一、什么是Future&#xff1f; 在并发编程中&#xff0c;可以通过Future对象来异步获取结果。 使用Thread或runnable接口都不能获取异步的执行结果&#xff0c;因为他们没有返回值。而通过实现Callable接口和Future就可以获取异步执行的结果&#xff0c;当异步执行结束后&…

SSRS中使用QRCoder生成二维码

步骤 1.下载QRCoder.dll 下载地址&#xff1a;https://download.csdn.net/download/wjl7126180/89369398 2.使用gacutil.exe安装QRCoder.dll到GAC(Global Assembly Cache) gacutil.exe是.NET Framework中的全局程序集缓存工具&#xff0c;如果没有安装.NET Framework&#…

怎么把纸质文件扫描成电子版?方法教会你!

怎么把纸质文件扫描成电子版&#xff1f;在数字化时代&#xff0c;将纸质文件转换为电子版已成为日常工作和学习的必备技能。无论是合同、证件、笔记还是其他文档&#xff0c;通过扫描软件都能轻松实现电子化&#xff0c;方便存储、查阅和分享。以下将介绍几款功能强大、操作简…

身份认证页面该怎么设计更加合理?

一、认证页面的作用 认证页面在应用程序中具有以下几个重要的作用&#xff1a; 验证用户身份&#xff1a;认证页面的主要作用是验证用户的身份。通过要求用户提供正确的凭据&#xff08;如用户名和密码、生物特征、验证码等&#xff09;&#xff0c;认证页面可以确认用户是合法…

Linux 生产跑批脚本解读

1.查看定时任务 2.脚本-目录结构 1&#xff09;config.ini 2&#xff09;run.sh 3.命令解读 1&#xff09;ls -1 路径文件夹 含义&#xff1a;ls -1 /home/oracle/shell/config/ 将文件夹config内的文件全部列出 [oracleneptune config]$ ls -1 /home/oracle/shel…

C#转义字符

转义字符 是字符串的一部分 用来表示特殊含义的字符 比如 在字符串中表示 单引 双引 空行.... 使用方法: string str "恁好啊 \n恁好啊 靓仔";* 常用的转义字符 单引号 \ 双引号 \" 换行 \n 斜杠 \\ 制表符 (tab键&#xff09; \t 空字符 \0 光标退格 \b 警报…

适合下班做的副业兼职、1天挣300,7天涨粉2万

最近小红书上有类视频火了&#xff01; 周周近财&#xff1a;让网络小白少花冤枉钱&#xff0c;赚取第一桶金 利用AI制作的漫画解说历史小说视频。视频以《明朝那些事儿》为蓝本&#xff0c;一上线就疯狂吸粉&#xff0c;多条视频内容都大爆了。 就是这个账号&#xff0c;仅仅…

【华为】BFD与静态路由和RIP联用

【华为】BFD与静态路由和RIP联用 实验需求配置AR1AR2AR3AR4效果抓包查看 实验需求 如上图组网所示&#xff0c;在R1上配置到达R4的Loopback0。 4.4.4.4/32网段的浮动静态路由&#xff0c;正常情况下通过R3访问R4。 当R3故障时&#xff0c;自动选路通过R2访问R4的Loopback0;在R…

Oracle DataGuard 保护级别

Oracle DataGuard 保护级别介绍 ADG 有三个保护级别&#xff0c;如下&#xff1a; 一、MAXIMUM PROTECTION 特点&#xff1a; 1、数据0丢失 2、最高级别保护 3、主备必须采用 OPTIONAL LGWR SYNC AFFIRM 的传输方式 4、备机必须启用 standby redo log 5、如果备机不可用(如…

了解K8s集群kubectl命令进行陈述式资源管理

前言 在 Kubernetes 集群中&#xff0c;通过陈述式和声明式资源管理是确保应用程序高效运行的关键。认识这两种管理方法&#xff0c;能够更好地掌握 Kubernetes 集群的运维和管理。 目录 一、K8s 资源管理操作分类 1. 陈述式 2. 声明式 3. K8s 集群管理常用命令概览 二…

基于瑞萨RA6M5的自控衣橱

1. 主控转接板原理图和PCB设计 2. 屏幕界面设计 3. 程序设计 4. QT设计 QT设计&#xff0c;读取MQTT数据&#xff0c;在QT上显示衣橱内部的温度&#xff0c;湿度情况&#xff0c;且能够控制衣橱的开关门&#xff0c;开关灯等。 5. 实物演示 瑞萨

数据库缓存 buffer pool详解

什么是buffer pool buffer pool, 又称之缓存池, 是mysql中为了提升查询性能而引入的缓存, 如果每次查询和修改都去操作磁盘的话, 性能就会很差, 从而引入 Buffer Pool包含多个缓冲页&#xff08;默认大小通常为16KB&#xff09;&#xff0c;每个缓冲页都有对应的控制信息&#…

Python 机器学习 基础 之 模型评估与改进 【评估指标与评分】的简单说明

Python 机器学习 基础 之 模型评估与改进 【评估指标与评分】的简单说明 目录 Python 机器学习 基础 之 模型评估与改进 【评估指标与评分】的简单说明 一、简单介绍 二、评估指标与评分 1、牢记最终目标 2、二分类指标 1&#xff09;错误类型 2&#xff09;不平衡数据集…