1. Linux下的命令结构

command [option] argument1,argument1
comman：命令，如ls,df,vim等
[option]：选项，如-a,-l,-h等
arguments：参数（可以是一个或多个）

2. 重点命令学习

2.1 基础命令

查看所有用户：more /etc/passwd
su root或者su - 进入root用户，输出入密码。此时提示符为#表示超级用户。
su zhaohuiyao 从root进入一般用户不需要密码，此时提示符为$表示一般用户。用户设计分组，权限等问题。
查看内存使用情况：df -h
关机：shutdown -h now
重启： shutdown -r now
logout 注销/退出
clear 清楚当前屏幕内容

2.2 文件操作

**Linux下所有的内容都可以称为文件，包括目录，普通文件，链接等。**这里强调普通文件的操作
less查看文件（可以通过上下键进行翻页），用Q退出。有些人会对less进行alias处理——le命令
cat、more也可以查看文件。但是cat是全部显示。
vim、vi、gedit，nano进行文件编辑。vim进入一般模式后，输入:set num，可显示行数。vim进入一般模式（命令行模式）
点击a，进入插入模式；点击Esc，退出插入模式；输入:x（保存修改并退出）；:q（不保存直接退出）；:q!（保存修改并强制退出）
touch [文件名] 创建空白文件
touch test1 创建一个名为test1的文件
touch test{1…3} 批量创建test1,test2,test3文件
gunzip 解压缩，不含参，则会覆盖掉原文件
gunzip -c prefix.fa.gz > prefix.fa 保留原文件
zcat命令 在不解压缩情况下，显示压缩文件的内容
zcat prefix.fa.gz | grep “>” 输出">“行
grep “>” prefix.fa 输出”>"行
tar -cvf ./prefix.tar /home/data/ 打包/home/data/目录下的全部文件，并保存在当前目录下的prefix.tar中
tar -zxvf ./prefix.tar 解压文件
tar -zxvf ./prefix.tar -C …/ #解压当前目录下的prefix.tar文件到指定目录…/下
rm 删除文件或目录
rm [文件名] 删除一个文件，且会询问你是否删除
rm -r 删除一个目录，且会依次询问你是否删除目录里的项目
rm -i 询问你是否确定删除文件
rm -f 在不提示的情况下删除
cp [需要拷贝的文件或目录的绝对路径] [拷贝到的位置]
cp -r 拷贝目录
软链接/符号链接：ln -s [文件/目录] [链接名]。对软链接进行操作，即对原文件进行修改。
scp 用于两个服务器之间文件传输
scp zhaohuiyao@11.11.1.1:/home/zhaohuiyao/.bashrc ./ #从服务器IP为11.11.1.1，账户为zhaohuiyao，文件为/home/zhaohuiyao/.bashrc，传输到当前服务器的当前目录下。需要知道密码
scp -rL zhaohuiyao@11.11.1.1:/home/zhaohuiyao/ ./ #传输目录
split 切割文件
split -l 100 name.txt split #将文件name.txt按照每100行一个文件进行分割。结果文件前缀为splitaa、splitab依次类推

2.3 文件权限

查看权限 ll [目录或文件名]
lrwxrwxrwx :文件属性，共10个字符，第1个单独，后面9个，三个一组。（r——读取/查看；w——写入/修改；x——执行）
第1个字符：l——链接；d——目录；-——文件；c——字符设备文件；b——块设备文件
后面9个字符称为文件模式，且每3个字符表示一种用户权限。依次是文件所有者权限，用户组权限，其他用户权限。这9个字符对应一个八进制数字（这对后面的修改权限操作很重要）
文件模式八进制0：—；1：–x；2：-w-:；3：-wx；4：r–；5：:r-x；6：:rw-；7：rwx。最高权限777
修改权限 chmod [权限数值] [文件] 常使用的权限数值有：777,755,700,660等
修改权限也可以通过符号的形式进行（一般不常用）
u——文件所有者；g——文件所有者所在组；o——其他用户；a——所有用户
+——添加某种权限；-——删除某种权限，=——表示该用户只能有什么权限
三种权限：r,w,x。chmod a-x xxx.txt 表示删除所有用户对该文件的执行权限。
当出现错误：Permission denied，表示：当前用户没有查看/修改/执行该文件或目录的权限。需获得权限。

2.4 目录操作

pwd 显示当前工作目录的完整路径
./：当前目录 …/：父目录（上级目录）
cd 进入当前用户的主目录
ls 当前工作目录下的文件和目录
ls -a 当前工作目录下的文件和目录（包括以.开头的文件与目录）
ls -l (ll)当前工作目录下的文件和目录的详细
ls -d [目录名] 查看指定目录下的详细信息
ls -t 按修改时间排序
du -sh * 查看当前目录下的所有目录和文件大小情况

2.5 环境变量

简单理解，在Liunx下我们要使用某个命令，如ls。按照运行规则，我们需要提供该命令的绝对路径，即/usr/bin/ls，但为什么我们不需要，这是因为在安装Liunx时，已经将/usr/bin设置为环境变量。
这样当我们在命令行输出ls，操作系统会对PATH存储的目录进行查找，若找到/usr/bin，就暂停并运行，若查不到就报错。

PATH：是存放有(可执行)命令和程序的目录集合；在操作系统接到用户输入的命令时，会对PATH存储的目录进行查找，看下是否有与用户输入的命令同名的文件存在，而且是从前到后一个个查找，而且是查到就停，最后查不到就报错。
echo $PATH 查看当前环境下PATH所有信息

设置环境变量：两种情况。写入.bashrc文件，则一致保存；如果直接在命令行执行export命令则仅在当前终端可用，关闭终端后，不改变
.bashrc文件/.bash_profile文件是一个，不同Linux发行版。这个文件很重要，要小心修改或者备份好，可能出现修改某些基础设置后，无法使用当前用户。
例：需要存放的路径：/home/zhaohuiyao/Biosoft/fastqc
①export PATH=$PATH:/home/zhaohuiyao/Biosoft/fastqc>>/.bashrc。（或者使用vim命令进行编辑）。然后使用source/.bashrc。激活新的环境变量②exportPATH=$PATH:/home/zhaohuiyao/Biosoft/fastqc
export PATH=$PATH:pwd和exportPATH=pwd:$PATH 的区别
前面提到：在命令运行时，会进行从前到后，查到就停的操作；因此理解为越靠近前面，优先级越高
前者是在所有已有的PATH最后面添加新路径
后者是在所有已有的PATH最前面添加新路径

2.6 进程信息

ps 查看进程信息，仅为机器状态的一个快照。ps -ef
top 查看动态进程信息，每3秒更新一次。
16:21:05 当前时间 up 正常运行的时间，从最近一次启动开始计算，在这个例子中，系统已经运行了7小时14分钟 1个用户正在登陆 load average（负载均值）：指等待运行的进程数。三个值分别对应三个时间点（前1min，前5min，前15min），该值小于1.0表示机器不忙
tasks：总进程数和各进程的状态信息（运行，休眠，暂停，僵尸）
%Cpu(s)：CPU时间被占情况。us——用户进程；sy——系统进程；ni——友好进程
jobs 推到后台的命令情况
htop 查看系统使用情况

2.7 grep命令

#如果有两个不同匹配结果之间用"–“间隔
grep -c -e “>” ./test.fa #返回符合条件（包含字符”>“的行）的行的总行数
grep -A 100 -e “>” ./test.fa #共同返回符合条件行和该行后的100行内容
grep -B 100 -e “>” ./test.fa #共同返回符合条件行和该行前的100行内容
注：使用-A和-B参数返回的结果中，如果有多个匹配结果，会存在”–"作为间隔行
grep -v -e “>” ./test.fa #返回不符合条件的行（反向查找）
grep -E #匹配复杂正则表达式，而-e参数匹配简单正则表达式

2.8 awk命令

#awk默认识别TAB键
#awk语句中的常用变量/内置变量。$0：整行内容‘；$1：第一项；$2：第二项；NF：文件列数；NR：正在读的行的序号；FNR：当前文件读的行的序号；END：文件全部读取后做的最终处理；BEGIN：设置初始化参数
#awk语句中的函数。
length($1)：计算字符串$1长度
index(“a”,$1)：返回字符“a”在字符串$1中的位置索引，从1开始
tolower($1)：将所有字符转为小写字母
toupper($1)：将所有字符转为小写字母
substr($1,3,4)：返回字符串$1中第3位开始，长度为4的子字符串，从1开始
split($1,arr,“a”)：以字符"a"为分割符切割字符串$1，保存到数组arr中。数组arr以1为下标开始
#awk语句中经常使用if判断语句。
#awk语句中使用print和printf函数
print $1"\t"$2
printf “%s%03d\t%s\n”, “TF:”,23,“nd” #先设置输出格式，在对其中变量进行指定。则最后输出TF:023 nd

awk ‘{print “>”$1"\n"$2}’ ./sample.txt > ./barcode.fasta
#经典例子，不同条件下修改即可
awk ‘{if($0~/^>/){print $0} else{print “no”}}’ ./test.txt > ./result.txt #判断该行是否以">“开始，若是，则输出改行内容，否则输出"no”
awk -v FS=“\t” -v OFS=“\t” ‘{print $1}’ ./test.txt > ./result.txt
#参数-v FS=“\t”，指定输入文件中每列的间隔符
#参数-v OFS=“\t”，指定输出文件中每列的间隔符

2.9 cut命令

#cut默认识别TAB键。按列提取文件内容
cut -f 1 ./name.txt > ./col1.txt #首先将name.txt文件按TAB键分列，然后提取第1列。若不存在TAB键，则整行输出
cut -f 1,5,2 ./name.txt > ./col1,2,5.txt #首先将name.txt文件按TAB键分列，然后提取第1列、第2列和第5列。每一行顺序是1,2,5而不是1,5,2
与上面一样结果一样cut -f 5,2,1 ./name.txt > ./col1,2,5.txt
cut -f 1 -d " " ./name.txt > ./col1.txt #首先将name.txt文件按空格键（连续空格也是可以的）分列，然后提取第1列

2.10 bc命令

两种情况
①终端直接输出bc，进入计算页面（交互页面），使用quit退出
②与echo和管道符一起使用
echo “6.5/2.7” | bc #输出2
echo “6.5/2.7” | bc -l #输出2.40740740740740740740
echo “scale=4;6.5/2.7” | bc #输出2.4074。scale指定小数点后位数

2.11 sort命令

sort -k 3 -n -r snp.tx > snp.sorted.txt #对snp.txt文件进行排序。按照第三列的值进行排序（-k参数）；-n参数：排序的值按照数值大小排序。否则按照ASCII码排序（例如：11<8）。-r参数：从大到小。默认为从小到大

3. 其他知识点

3.1 批量执行某条命令

cat ./SRR_Acc_List.txt | while read line; do fastq-dump -e 24 -p /data/SRX5327410_sra/$line -O /root/SRX5327410_FQ/; done

3.2 windows下载数据

#有时在linux系统下无法下载的文件。选择在windows下载后上传
进入powershell（win+X) 点击Windows Powershell
$client = new-object System.Net.WebClient
$client.DownloadFile(‘http://korflab.ucdavis.edu/Unix_and_Perl/FAlite.pm’,‘C:\Users\Administrator\Desktop\master.zip’)
https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/assembly_summary_refseq.txt
$client.DownloadFile(‘https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/refseq/assembly_summary_refseq.txt’,‘C:\Users\Administrator\Desktop\assembly_summary_refseq.txt’)

3.3 创建shell脚本并执行

vim test.sh

#!/bin/bash
#Author:zhaohuiyao
#Date:2021-01-18
#This script is used to exercise shell.
echo 'Hello World!'

ll test.sh
-rw-r–r–. 1 root root 109 Jan 18 16:55 test.sh
#此时的test.sh文件不是一个可执行的文件
#修改权限，755表示所有人都可以执行；700表示只有脚本所有者可以执行
chmod 755 test.sh
ll test.sh
-rwxr-xr-x. 1 root root 109 Jan 18 16:55 test.sh
./test.sh
Hello World!
#如果不修改权限。执行命令 /bin/bash ./test.sh

3.4 积累的常用的shell命令

1. 查看linux版本：cat /proc/version 查看服务器是32/64位：getconf LONG_BIT
2. 查看服务器配置情况：CPU情况：lscpu；内存情况：free -g
3. nohup /bin/bash ./hello.sh 2>&1 &。nohup将命令挂载到后台。这里会将输出追加到nohup.out文件。若是不想要nohup.out文件，nohup /bin/bash ./hello.sh 1>/dev/null 2>&1 &。这里1表示标准输出，2表示标准错误输出。2>&1，指将标准错误追加到标准输出后面。若是出现nohup.out无法生成的现象，你可以指定。nohup /bin/bash ./hello.sh 1>nohup.out 2>&1 &
4. 将命令挂载到后台。常用两种方法：1. nohup（no hang up）CMD &：这种情况，即使关闭当前终端，该命令也会执行。2. CMD &：这种情况，当关闭当前终端，则会终止该命令。
5. Ctrl+c：表示终止当前命令；Ctrl+z：表示暂停当前命令。
6. jobs：查看当前终端提交到后台的任务。若重新打开一个终端，则不会显示。
7. bg：把任务转到后台运行
8. disown：移除任务
9. 若是你正在运行一个任务，可能马上要断网了，想将命令推到后台，但不想先终止命令，再重新推到后台，那怎么办呢？操作如下：1.先用Ctrl+z，暂停当前任务；2. 用jobs查看该任务的编号，状态显示stopped，假设编号是1111；3. 执行bg %1111，将任务转到后台运行；4.再次用jobs查看，会发现状态是running，而且是一个新的任务编码；5. 执行disown %1111，将原来的任务移除；6.再次运行jobs确认。（这样，就算断网，也没有关系了。但是日志文件会丢失）
10. 对.gz/.tar/.zip等压缩文件进行wc统计。命令：less xxx.tar | wc -l
11. 将终端输出结果输出到log文件中。命令ls | tee -a log.txt（参数-a：表示追加。若为tee log.txt表示覆盖）
12. conda环境打包为yaml文件

conda activate GenomeScope
conda env export > /home/zhaohuiyao//miniconda3/yaml/GenomeScope.yaml
conda env create -f /home/zhaohuiyao//miniconda3/yaml/GenomeScope.yaml
#该yaml文件可以在snakemake文件作为conda参数的内容

13. 查看被kill掉的进程的原因
    dmesg | egrep -i -B100 ‘killed process’，多数是out of memory
14. wget下载文件，参数-c：支持断点续传。参数-O：修改下载文件名
    wget -c -O newname.txt https://SSS/SSS/name.txt