在Ubuntu系统中停止正在运行的.NET Core程序，你可以使用以下几种方法：

1. 使用kill命令： 如果你知道.NET Core程序的进程ID（PID），你可以直接使用kill命令来停止它。首先，使用ps命令配合grep来查找.NET Core进程的PID：

   ps -ef | grep dotnet

   然后，使用kill命令加上PID来停止进程：

   kill -s 9 PID

   其中-s 9表示发送SIGKILL信号，这是一个强制停止进程的信号。

2. 使用pkill命令： 如果你想要停止所有与.NET Core相关的进程，可以使用pkill命令：

   pkill dotnet

   这个命令会发送SIGTERM信号给所有匹配的进程，允许它们优雅地关闭。

3. 使用dotnet-stop工具： dotnet-stop是一个跨平台的工具，可以发送SIGINT（Ctrl+C）信号给进程，以优雅地停止.NET Core应用程序。使用这个工具之前，你需要先安装它：

   dotnet tool install -g dotnet-stop

   然后，你可以通过进程ID来停止进程：

   dotnet-stop <id>

   其中<id>是进程ID。

请根据你的具体情况选择适合的方法来停止.NET Core程序。如果你的程序是以服务的形式运行的，你可能需要使用systemctl命令来管理服务的启动和停止。