【Lammps】atomsk安装与环境变量设置(Linux环境)

【Lammps】atomsk安装与环境变量设置(Linux环境)

  • 官网
  • 配置环境变量
  • 测试

官网

https://atomsk.univ-lille.fr/dl.php

下载的安装包如下:
在这里插入图片描述

使用Linux的解压命令进行解压:

tar -xzvf file.tar.gz

注意:file.tar.gz 替换为自己下载的安装包名称。

解压后有如下文件:
在这里插入图片描述

我们看到有examples文件夹,里面有很多atomsk自带的例子,我们直接进去运行看看,能不能成功?

在这里插入图片描述

用 bash XX.sh 或source XX.sh

以Al_dislocation.sh为例运行,

在这里插入图片描述
首次运行报错,显示报错:

-bash: atomsk: command not found

这是由于环境变量没有设置,所有atomsk命令没有生效,接下来添加atomsk到当前用户的环境变量。

配置环境变量

  1. 找到当前的 atomask 所在文件的路径

先cd到我们最开始安装的位置,然后使用pwd命令即可。

在这里插入图片描述

比如我的atomsk的路径为:

/data/home/hw23/atomsk_b0.13.1_Linux-amd64

  1. 找到atomsk的路径后,前往用户的根目录(可以使用命令 cd /

在这里插入图片描述
3. 编辑 bashrc

输入 vi .bashrc,然后回车,出现如下内容,在箭头下面加入如下内容:

export PATH=“$PATH:/home/zma/software/atomsk_b0.11.2_Linux-amd64”

export PATH="$PATH:/data/home/hw23/atomsk_b0.13.1_Linux-amd64" 

这个路径根据 atomsk文件 所在安装路径而定。

在这里插入图片描述
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  1. 输入source .bashrc,然后回车。使刚才的环境变量生效。直接输入atomsk也可以进入atomsk软件了。

可以用echo $PATH命令查看,atomsk所在路径已经添加进来了。

在这里插入图片描述

测试

测试:回到刚才Al_supercell.sh所在路径,再执行source Al_supercell.sh命令

运行成功!结果如下图:

在这里插入图片描述

在这里插入图片描述

参考博客:

https://www.bilibili.com/read/cv16793408/

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