1. IMPUTE2进行基因型填充
软件安装参考:生信软件38 - 基因型填充软件IMPUTE2
使用IMPUTE2与参考面板的最佳方法是向程序提供所有可用的单倍型,并让它选择使用哪些单倍型。
IMPUTE2不使用群体标签或个体之间相关性的其他全基因组数据,无论是对于参考单倍型还是被填充的个体基因型;相反,它寻找与特定研究个体的单倍型共享高序列同一性的参考单倍型。这些单倍型构成了一个“定制”参考组,可用于估算目标个体中缺失的基因型。
这个过程在很大程度上对参考组的祖先组成不敏感:只要参考组包含与研究中的个体共享最近共同祖先片段的单倍型,IMPUTE 2就可以找到共享片段并使用它们来估算缺失的等位基因。因此,参考组不需要限于与研究个体的祖先“匹配”的单倍型-它还可以包括其他类型的单倍型。
2. 最常见的基因型填充方法: 使用一个定相参考组进行插补(预定相)
使用一组参考单倍型来插补研究中未分型的SNP,该方法通过预定相(pre-phasing),即通过将其分为两个步骤来加速插补过程: