怎样使用 Juicer tools 的 dump 命令将.hic文件转换为交互矩阵matrix计数文件 (Windows)

创作日志: 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件,需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令,使用起来比想象中简单。


一、下载Juicer tools

注意:使用Juicer tools的前提是你的电脑里装了Java哦!

网址:Juicer tools jar包下载官网
我不知道有什么具体区别,下载的是第一个。下载之后也不需要有什么操作,直接就可以用。

在这里插入图片描述

二、dump命令讲解

1. juicer_tools dump 用法1——提取观测值或期望值

  • 参数:
    [ observed/oe ]   [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ]   [ hicFile(s) ]   [ chr1 ][:x1:x2]   [ chr2 ][:y1:y2]   [ BP/FRAG ]   [ binsize ]   [ outfile (可选) ]

  • 参数解释:
    • [observed/oe]: 选择提取观测值 (observed) 或 观测/期望值 (oe)。
    • [NONE/VC/VC_SQRT/KR]: 选择归一化选项:
             NONE:无归一化
             VC:Vector Correction 归一化
             VC_SQRT:Square Root Vector Correction 归一化
             KR:Knight-Ruiz 归一化
    • [hicFile(s)]: 输入的 .hic 文件路径。
    • [chr1][:x1:x2]: 第一个染色体及其范围(例如 chr1:0:100000)。
    • [chr2][:y1:y2]: 第二个染色体及其范围(例如 chr2:0:100000),也可以是相同的染色体。
    • [BP/FRAG]: 选择单位:基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
    • [binsize]: 分辨率,例如 10000 表示 10kb。
    • [outfile]: 输出文件路径(可选)。

2. juicer_tools dump 用法2——提取归一化或期望值

  • 参数:
    [ norm/expected ]   [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ]   [ hicFile(s) ]   [ chr ]   [ BP/FRAG ]   [ binsize ]   [ outfile (可选) ]
  • 参数解释:
    • [norm/expected]:选择提取归一化值 (norm) 或 期望值 (expected)。
    • [NONE/VC/VC_SQRT/KR]:选择归一化选项(同上)。
    • [hicFile(s)]:输入的 .hic 文件路径。
    • [chr]:染色体。
    • [BP/FRAG]:选择单位:基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
    • [binsize]:分辨率。
    • [outfile]:输出文件路径(可选)。

3. juicer_tools dump 用法3——提取染色质环loop或域domain信息

  • 参数:
    [ loops/domains ]   [ hicFile URL]   [ outfile (可选) ]
  • 参数解释:
    • [loops/domains]:选择提取环 (loops) 或 域 (domains) 信息。
    • :输入的 .hic 文件 URL。
    • [outfile]:输出文件路径(可选)。

三、使用实例

  1. 打开Windows cmd
  2. 输入java -jar 你的juicer_tools jar包安装路径 dump 以上所需参数 即可完成转换

拿我的举个例子:
在这里插入图片描述
最后在我的指定路径中生成了extract_matrix.txt文件:

在这里插入图片描述

打开内容是这样的:

在这里插入图片描述

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/874426.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

邮件安全篇:邮件反垃圾系统运作机制简介

1. 什么是邮件反垃圾系统? 邮件反垃圾系统是一种专门设计用于检测、过滤和阻止垃圾邮件的技术解决方案。用于保护用户的邮箱免受未经请求的商业广告、诈骗信息、恶意软件、钓鱼攻击和其他非用户意愿接收的电子邮件的侵扰。 反垃圾系统的常见部署形式 2. 邮件反垃圾…

Dubbo SPI 之路由器

1. 背景介绍 Dubbo 是一个高性能的 Java RPC 框架,由阿里巴巴开源并广泛应用于分布式系统中。在 Dubbo 的架构中,SPI(Service Provider Interface)是一个关键组件,允许在运行时动态加载不同的服务实现。SPI 机制提供了…

day6 io线程

获取终端输入的字符

深入探究 Golang 反射:功能与原理及应用

Go 出于通用性的考量,提供了反射这一功能。借助反射功能,我们可以实现通用性更强的函数,传入任意的参数,在函数内通过反射动态调用参数对象的方法并访问它的属性。举例来说,下面的bridge接口为了支持灵活调用任意函数&…

构建自动化的魔法:Gradle Build Init的深度解析

构建自动化的魔法:Gradle Build Init的深度解析 在软件开发过程中,自动化构建是提高效率和保证质量的关键。Gradle,作为一个强大的构建工具,提供了丰富的功能来帮助开发者自动化构建过程。其中,Gradle的构建配置包&am…

python一维表转二维表

一维表转二维表 import pandas as pd # 读取数据 product_df pd.read_csv(rD:\excelFile\practice\物品属性值一维表.csv,encodingutf-8) # print(product_df)# 将一维表转变二维 s pd.Series(list(product_df[属性值]),index[product_df[物品编号],product_df[属性名]]) …

【git】github中的Pull Request是什么

在 Git 中,"pull request"(简称 PR)是一种在分布式版本控制系统中使用的功能,特别是在使用 GitHub、GitLab、Bitbucket 等基于 Git 的代码托管平台时。Pull Request 允许开发者请求将他们的代码更改合并到另一个分支&am…

GMSSL2.x编译鸿蒙静态库和动态库及使用

一、编译环境准备 1.1 开发工具 DevEco-Studio下载。 1.2 SDK下载 ​ 下载编译第三方库的SDK有两种方式,第一种方式从官方渠道根据电脑系统选择对应的SDK版本,第二种方式通过DevEco-Studio下载SDK。本文只介绍通过DevEco-Studio下载SDK的方式。 安装…

C语言 指针方法 将n个数按输入时顺序的逆序排列

将n个数按输入时顺序的逆序排列,用函数实现。 #include <stdio.h>void reverseArray(int *arr, int n) {int temp;for (int i 0; i < n / 2; i) {temp arr[i];arr[i] arr[n - 1 - i];arr[n - 1 - i] temp;} }int main() {int n;printf("Enter the number of…

centos中zabbix安装、卸载及遇到的问题

目录 Zabbix简介Zabbix5.0和Zabbix7.0的区别监控能力方面模板和 API 方面性能、速度方面 centos7安装Zabbix(5.0)安装zabbix遇到的问题卸载Zabbix Zabbix简介 Zabbix 是一个基于 WEB 界面的提供分布式系统监视以及网络监视功能的企业级的开源解决方案。zabbix 能监视各种网络参…

给Docker配置网络代理

代理信息 假设我的代理服务器地址为&#xff1a;192.168.3.3:7890 # Dockerd 代理 # 配置 在执行 docker pull 时&#xff0c;是由守护进程 dockerd 来执行。因此&#xff0c;代理需要配在 dockerd 的环境中。而这个环境&#xff0c;则是受 systemd 所管控&#xff0c;因此…

大数据架构体系演进

传统离线大数据架构 ​ 21世纪初随着互联网时代的到来&#xff0c;数据量暴增&#xff0c;大数据时代到来。Hadoop生态群及衍生技术慢慢走向“舞台”&#xff0c;Hadoop是以HDFS为核心存储&#xff0c;以MapReduce&#xff08;简称MR&#xff09;为基本计算模型的批量数据处理…

MATLAB实验五:MATLAB数据分析

1. 某线路上不同时间对应的电压如下表所示&#xff1a; 1&#xff09;用 3 次多项式拟合(polyfit)该实验曲线&#xff0c;要求绘制 2 原始采样 点&#xff0c;并在 1~8 范围内&#xff0c;使用时间间隔为 0.2 的数据绘制拟合曲线。 建立一个脚本文件&#xff1a;text5_1.m 如下…

黑马JavaWeb企业级开发(知识清单)01——前端介绍,HTML实现标题:排版

文章目录 前言一、认识web前端、HTML、CSS二、VS Code开发工具&#xff08;插件弃用问题&#xff09;三、HTML结构标签介绍1. 标签页标题< title >2. 图片标签< img >1) 常见属性2) src路径书写方式 3. 标题标签< h >4. 水平分页线标签< hr > 四、用Vs…

【大数据专题】Spark题库

1 . 简述什么是Spark &#xff1f; 试题回答参考思路&#xff1a; Spark是大数据的调度&#xff0c;监控和分配引擎。它是一个快速通用的集群计算平台.Spark扩展了流行的MapReduce模型.Spark提供的主要功能之一就是能够在内存中运行计算 &#xff0c;但对于在磁盘上运行的复杂…

ElasticSearch-match_phrase查询

match_phrase GET /my_index/address/_search {query: {match_phrase:"hello world"} } hello world 必须相邻才能被搜索出来&#xff0c;比如下面的句子&#xff1a; 1.Hello World tom, do you know me // 能搜到 2.see the world // 搜不到 3.Hello tom // 搜不…

代码随想录day19 235. 二叉搜索树的最近公共祖先 、701.二叉搜索树中的插入操作 、 450.删除二叉搜索树中的节点

代码随想录day19 235. 二叉搜索树的最近公共祖先 、701.二叉搜索树中的插入操作 、 450.删除二叉搜索树中的节点 235. 二叉搜索树的最近公共祖先 不算难&#xff0c;分类讨论即可 class Solution { public:TreeNode* lowestCommonAncestor(TreeNode* root, TreeNode* p, Tree…

ubuntu 源码安装postgis插件

ubuntu 22 源码安装postgresql 16 教程 一、安装依赖&#xff1a; # 我的各个版本 # libgeos-dev 3.10.2 # libproj-dev 8.2.1 # libgdal-dev 3.4.1 # libxml2-dev 2.9.13 apt install -y libgeos-dev libproj-dev libgdal-dev libxml2-dev二、下载解压源码&#xff1a; …

安全的备忘录工具有哪些 安全好用的备忘录

在这个数字化的时代&#xff0c;我们的生活中充斥着各种各样的信息&#xff0c;从工作计划到个人琐事&#xff0c;从账号密码到重要日期&#xff0c;这些信息都需要我们牢记。然而&#xff0c;人的记忆毕竟有限&#xff0c;于是&#xff0c;备忘录工具成为了我们日常生活中不可…

bash XXX.sh文件和直接运行XXX.sh的区别

区别&#xff1a; bash XXX.sh 明确说明使用bash作为脚本的解释器不需要文件有执行权限 XXX.sh 需要指定相关解释器。如果第一行是#!/bin/bash则使用bash&#xff0c;如果是#!/bin/sh&#xff0c;则使用sh作为解释器需要有执行权限:通过chmod x 文件名指定 注意: #!是特殊标…