创作日志： 万恶的生信…一个scHiC数据集没有提供处理好的计数文件，需要从.hic转换。Github一个个好长的文档看了好久才定位到 juicer tools 的dump命令，使用起来比想象中简单。
一、下载Juicer tools
注意：使用Juicer tools的前提是你的电脑里装了Java哦！
网址：Juicer tools jar包下载官网
我不知道有什么具体区别，下载的是第一个。下载之后也不需要有什么操作，直接就可以用。
二、dump命令讲解
1. juicer_tools dump 用法1——提取观测值或期望值
-
参数：
[ observed/oe ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr1 ][:x1:x2] [ chr2 ][:y1:y2] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] -
参数解释：
• [observed/oe]： 选择提取观测值 (observed) 或 观测/期望值 (oe)。
• [NONE/VC/VC_SQRT/KR]： 选择归一化选项：
NONE：无归一化
VC：Vector Correction 归一化
VC_SQRT：Square Root Vector Correction 归一化
KR：Knight-Ruiz 归一化
• [hicFile(s)]： 输入的 .hic 文件路径。
• [chr1][:x1:x2]： 第一个染色体及其范围（例如 chr1:0:100000）。
• [chr2][:y1:y2]： 第二个染色体及其范围（例如 chr2:0:100000），也可以是相同的染色体。
• [BP/FRAG]： 选择单位：基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
• [binsize]： 分辨率，例如 10000 表示 10kb。
• [outfile]： 输出文件路径（可选）。
2. juicer_tools dump 用法2——提取归一化或期望值
- 参数：
[ norm/expected ] [ NONE/VC/VC_SQRT/KR ] [ hicFile(s) ] [ chr ] [ BP/FRAG ] [ binsize ] [ outfile (可选) ] - 参数解释：
• [norm/expected]：选择提取归一化值 (norm) 或 期望值 (expected)。
• [NONE/VC/VC_SQRT/KR]：选择归一化选项（同上）。
• [hicFile(s)]：输入的 .hic 文件路径。
• [chr]：染色体。
• [BP/FRAG]：选择单位：基对 (BP) 或 酶切片段 (FRAG)。
• [binsize]：分辨率。
• [outfile]：输出文件路径（可选）。
3. juicer_tools dump 用法3——提取染色质环loop或域domain信息
- 参数：
[ loops/domains ] [ hicFile URL] [ outfile (可选) ] - 参数解释：
• [loops/domains]：选择提取环 (loops) 或 域 (domains) 信息。
• ：输入的 .hic 文件 URL。
• [outfile]：输出文件路径（可选）。
三、使用实例
- 打开Windows cmd
- 输入
java -jar 你的juicer_tools jar包安装路径 dump 以上所需参数即可完成转换
拿我的举个例子：
最后在我的指定路径中生成了extract_matrix.txt文件：
打开内容是这样的：
