在使用NCBI 工具fastq-dump拆分SRA文件时，拆分速度慢，

fastq-dump拆分参数说明：

• –split-spot: 将双端测序分为两份，存放在同一个文件中
• –split-files: 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads直接丢弃
• –split-3 : 将双端测序分为两份，存放在不同的文件，但是对于一方有而一方没有的reads会单独放在一个文件夹里

pfastq-dump介绍

一个SRA格式的转录组数据大概在3G左右，使用hisat2比对可直接使用SRA作为输入文件；但如果使用BWA比对，则必须转换成fastq格式。pfastq-dump支持多线程拆分，相比于NCBI 工具fastq-dump效率大幅提升。

1. github下载

git clone https://github.com/inutano/pfastq-dumpcd pfastq-dump/chmod a+x pfastq-dump/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -h

2. 单端数据拆分

对prefetch命令下载.sra数据进行拆分。

# SRA数据下载，提前安装好prefetch
nohup prefetch SRR3498212 &/pfastq-dump/bin/pfastq-dump -t 8 -O ./ ./SRR3498212.sra
# 结果文件：SRR3498212.fastq

3. 双端数据拆分

# 输出.gz fastq压缩文件
/pfastq-dump/bin/pfastq-dump \
--threads 8 --outdir ./ ./SRR349XXXX.sra \
--split-3 --gzip

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