在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown中我们讲述了bookdown用于自动化文档生成。里面涉及到一个文件Rproj用于项目管理。

本身是一个很简单的文件，里面的内容一般不需要修改，只是放置在每个项目目录下即可。

比如我们有个内容如下的ysx.Rproj文件，配置了一些参数，看单词都应该明白这些参数是什么含义。

Version: 1.0RestoreWorkspace: Default
SaveWorkspace: Default
AlwaysSaveHistory: DefaultEnableCodeIndexing: Yes
UseSpacesForTab: Yes
NumSpacesForTab: 2
Encoding: UTF-8RnwWeave: Sweave
LaTeX: pdfLaTeXBuildType: Website

那么他有什么特别的应用呢？

在我们之前的易生信培训课程中，R代码都以Rmarkdown的形式呈现，因为它有一个便利的地方在于Rmd中运行的代码默认以Rmd所在目录为工作目录，这样就方便设置相对路径访问文件了。

因为开始学习时对命令和命令下处理文件的不熟悉，找不到文件是我们最常见的错误之一。

但如果需要临时调试，在Console下写代码时，工作路径是需要自己切换的。而且Terminal下使用模拟Linux命令时路径也需要手动切换，会给初学者一些困扰。(Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows)

而有了Rproj，问题就解决了，直接在培训教案所在目录放置一个Rproj文件 (内容如上，文件名甚至也不需要修改)，然后用Rstudio打开 (Open project)所有的路径都为Rproj所在目录了，具体看下方的动画展示。

另外如果我们自己开发R包，可以用如下的Rproj文件，配置信息稍微多了一些。

Version: 1.0RestoreWorkspace: Default
SaveWorkspace: Default
AlwaysSaveHistory: DefaultEnableCodeIndexing: Yes
UseSpacesForTab: Yes
NumSpacesForTab: 2
Encoding: UTF-8RnwWeave: Sweave
LaTeX: pdfLaTeXAutoAppendNewline: Yes
StripTrailingWhitespace: YesBuildType: Package
PackageUseDevtools: Yes
PackageInstallArgs: --no-multiarch --with-keep.source
PackageRoxygenize: rd,collate,namespace