DNA序列k-mers哈希映射和相似序列查找

对DNA序列的k-mer进行哈希映射和相似序列查找是生物信息学中常见的任务之一。使用哈希函数对DNA序列的k-mer进行映射,并使用哈希表进行相似序列的查找。这种方法可以加速相似序列的搜索,并在处理大规模DNA序列数据时具有较好的性能。

哈希函数是一种将输入数据映射到固定长度的输出数据的函数。它的主要特点是对于给定的输入,能够产生唯一的输出,称为哈希值或散列值。哈希函数常用于密码学、数据完整性检查、数据检索和散列映射等领域。以下是一些常见的哈希函数及其特点:

  1. MD5(Message Digest Algorithm 5)

    • 特点:MD5是一种广泛使用的哈希函数,产生128位(16字节)的哈希值。它以高度的不可逆性和强大的碰撞抗性而闻名。
    • 应用:曾经用于密码存储、数据完整性校验等领域,但由于其存在碰撞攻击的风险,目前已不建议用于安全性要求较高的场景。
  2. SHA-1(Secure Hash Algorithm 1)

    • 特点:SHA-1是一种产生160位(20字节)哈希值的算法。类似于MD5,但比MD5更安全,虽然它也有已被发现的弱点。
    • 应用:常用于数字签名、SSL证书等领域。然而,由于其碰撞攻击的漏洞,已逐渐被SHA-2和SHA-3所取代。
  3. SHA-2(Secure Hash Algorithm 2)

    • 特点:SHA-2包括SHA-224、SHA-256、SHA-384、SHA-512等几种变体,产生的哈希值长度分别为224位、256位、384位和512位,安全性较SHA-1提高了许多。
    • 应用:SHA-256是最广泛使用的变体,被广泛应用于密码学、数字签名、数据完整性验证等领域。
  4. SHA-3(Secure Hash Algorithm 3)

    • 特点:SHA-3是NIST在2015年发布的最新的哈希算法标准,设计初衷是在SHA-2的基础上提供一个备用方案。SHA-3的设计与SHA-2有所不同,采用了Keccak算法。
    • 应用:SHA-3提供了与SHA-2相似的安全性,但在实现细节上有所不同,可用于与SHA-2相似的应用场景。
import hashlibclass ProbeHash:def __init__(self, k):self.k = kself.hash_table = {}def generate_kmers(self, sequence):kmers = [sequence[i:i+self.k] for i in range(len(sequence) - self.k + 1)]return kmersdef hash_function(self, kmer):# 使用SHA-256哈希函数对k-mer进行哈希hashed_kmer = hashlib.sha256(kmer.encode()).hexdigest()return hashed_kmerdef add_probe(self, probe_id, sequence):kmers = self.generate_kmers(sequence)for kmer in kmers:hashed_kmer = self.hash_function(kmer)if hashed_kmer not in self.hash_table:self.hash_table[hashed_kmer] = [probe_id]else:self.hash_table[hashed_kmer].append(probe_id)# 只要有同样的kmer,就是similar_probedef find_similar_probes(self, query_probe):similar_probes = set()query_kmers = self.generate_kmers(query_probe)for kmer in query_kmers:hashed_kmer = self.hash_function(kmer)#print("kmer:" ,kmer)#print("hashed_kmer:" ,hashed_kmer)if hashed_kmer in self.hash_table:similar_probes.update(self.hash_table[hashed_kmer])return similar_probes# 示例用法
probe_hash = ProbeHash(k=8)  # 使用8-mer
# 添加探针
probe_hash.add_probe("probe1", "ATCGATCGATCGAAGTCGATCGCAT")
probe_hash.add_probe("probe2", "GGGCGGGCGGCCGCGATGCAGTACG")
probe_hash.add_probe("probe3", "CGATCGATCGATATGCGATCGATACG")#print("probe_hash.hash_table:", probe_hash.hash_table) # 查询相似探针
similar_probes = probe_hash.find_similar_probes("CGATCGATTAATATGCGTTCGATAGG")
print("Similar probes:", similar_probes)

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/829290.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

C++系列-输入输出

&#x1f308;个人主页&#xff1a;羽晨同学 &#x1f4ab;个人格言:“成为自己未来的主人~” C输入和输出 我们都知道C语言的输出是用printf函数来实现的&#xff0c;那么C呢&#xff0c;它的实现逻辑是什么呢&#xff0c;让我们一起来看一下&#xff0c; #include<i…

docker入门级命令

基本概念 docker的连个基本概念&#xff1a;镜像、容器。 docker镜像可以理解为是存储docker安装包的地方&#xff0c;比如&#xff1a;mcr.microsoft.com/mssql/server:2017-latest是sqlserver的docker镜像。 可以通过docker pull命令拉取远程镜像到本地。比如&#xff1a;…

K8S 调试运行中报错的 Pod

开始调试有问题的 Pod 准备环境 创建一个例子用于测试&#xff1a; apiVersion: apps/v1 kind: Deployment metadata:name: nginx-deploymentnamespace: apps spec:selector:matchLabels:app: nginxreplicas: 2template:metadata:labels:app: nginxspec:containers:- name: …

Linux系统安全及应用(1)

目录 一.账号安全控制 系统账号清理 二.密码安全控制 密码安全控制 三.命令历史限制 命令历史限制 四.限制su切换用户 1&#xff09;将信任的用户加入到wheel组中 2&#xff09;修改su的PAM认证配置文件 ​编辑五.PAM认证的构成 六.使用sudo机制提升权限…

android 上传视频

1.在页面按钮或图标控件中添加点击事件&#xff0c;并调用选择文件动作 //点击图片选择视频按钮事件public void uploadvideo(View view){Intent intent new Intent(Intent.ACTION_GET_CONTENT); // 选择文件动作intent.setType("video/*"); …

python数据分析与可视化

Python数据分析与可视化是数据科学领域的重要技能&#xff0c;它涉及到使用Python语言及其丰富的库来分析数据、提取信息、并将其转换为易于理解的图表和图形。以下是Python数据分析与可视化的一些关键点&#xff1a; ### 1. 数据分析库 - **Pandas**&#xff1a;用于数据处理…

IDEA离线安装插件

1、下载地址 https://plugins.jetbrains.com/idea 如果去其他编辑器&#xff0c;点击下拉&#xff0c;选择即可。 2.搜索 在输入框输入关键词&#xff0c;按照提示选择即可&#xff0c;点击搜索按钮&#xff0c;查看结果。 3、选择版本 按照自己的版本选择合适的版本 4、安…

8086:qemu执行汇编

正文 环境&#xff1a;macOS M1。 QEMU&#xff08;Quick EMUlator&#xff09;是一个开源的虚拟机监视器&#xff0c;可以模拟多种硬件平台&#xff0c;包括处理器架构、设备和操作系统。QEMU具有以下主要功能和用途&#xff1a; 硬件模拟器&#xff1a;QEMU可以模拟多种处理…

TP8 利用jwt 生成token

使用Composer安装依赖库&#xff0c;终端切换到项目根目录输入如下 composer require firebase/php-jwt 下面是示例代码&#xff1a; <?php namespace app\common\base;use Firebase\JWT\JWT; use Firebase\JWT\Key;class Token {/*** 创建 token* param array $data 必填…

linux的SSH(远程登录)服务

目录 1.SSH远程管理 1.1 SSH的概述 1.2 OpenSSH服务器 1.3 SSH端口、配置文件 2.服务端重要配置 3.登录验证方式 3.1 密码验证 3.2 密钥对验证 4.使用 SSH 客户端程序 4.1 ssh 远程登录 4.2 scp 远程复制 4.3 sftp文件传输 5.创建使用密钥对 6.TCP Wrappers访问控…

CLIP论文笔记:Learning Transferable Visual Models From Natural Language Supervision

导语 会议&#xff1a;ICML 2021链接&#xff1a;https://proceedings.mlr.press/v139/radford21a/radford21a.pdf 当前的计算机视觉系统通常只能识别预先设定的对象类别&#xff0c;这限制了它们的广泛应用。为了突破这一局限&#xff0c;本文探索了一种新的学习方法&#x…

机器学习之sklearn基础教程

Scikit-learn&#xff08;简称sklearn&#xff09;是一个广泛使用的机器学习库。 1. **安装sklearn**&#xff1a;推荐使用Anaconda进行安装&#xff0c;以避免配置和环境问题。也可以直接通过pip命令安装&#xff1a;pip install scikit-learn。 2. **数据集生成**&#xff1…

如何在 CentOS VPS 上配置 vsftpd 使用 SSL/TLS

介绍 FTP&#xff08;文件传输协议&#xff09;是一种在本地和远程服务器之间传输文件的方式。尽管非常流行和普遍&#xff0c;但由于其设计中固有的安全性缺失&#xff0c;使用这种文件传输方法已经不再受欢迎。 一个非常有能力的替代方案是SFTP&#xff0c;如上所述。该协议…

conda修改当前环境中的python版本

1. 首先查看当前的python版本 python -V 2. 进入已经激活的conda环境&#xff0c;搜索库中有无想要的python版本(若有想安装的版本可跳过) conda search --full --name python 3. 安装库中存在且符合要求的python版本即可(以python3.8.1为例) conda install python3.8.1

深度学习的模型转换(.pt转换为.engine)

缘由 最近观察发现,深度学习的例子有很多,但是模型的转换总是有很多问题,没有一个标准的转换方法。有的是直接用YOLO里面自带的export.py进行转换,也有的人利用TensorRT里面的bin文件夹的trtexec.exe转换,结果两种转换之后的格式不一样。所以最近就整理了网上的转换办法,…

springboot WebSocket的用法

Spring Boot中使用Java API创建WebSocket 添加WebSocket的依赖项 <dependency><groupId>org.springframework.boot</groupId><artifactId>spring-boot-starter-websocket</artifactId> </dependency>创建WebSocket端点 import javax.webs…

sqlite 附加(attach database)加密数据库时,返回26是什么原因呢?

&#x1f3c6;本文收录于「Bug调优」专栏&#xff0c;主要记录项目实战过程中的Bug之前因后果及提供真实有效的解决方案&#xff0c;希望能够助你一臂之力&#xff0c;帮你早日登顶实现财富自由&#x1f680;&#xff1b;同时&#xff0c;欢迎大家关注&&收藏&&…

Linux线程(pthread)概念以及编程

pthread 线程的意思 1.简的来说&#xff0c;线程的概念就是在一个程序中&#xff0c;同时进行多个函数的运行比如以下代码 2.要引入头文件#include <pthread.h> ; 线程被调函数的定义是空指针类型的如&#xff1a; void *func1() 在main函数中&#xff0c;pthread_cre…

【软件】ERETCAD-Env:在轨空间环境3D动态仿真软件

文章介绍了Extreme-environment Radiation Effect Technology Computer-Aided Design – Environment (ERETCAD-Env)软件&#xff0c;文章的介绍和展示了ERETCAD-Env软件的功能和特点&#xff0c;这是一款用于动态模拟在轨卫星所处空间环境的计算机辅助设计软件。强调了该软件在…

Rust异步并发编程tokio异步运行时讲解和使用,新手必学

Rust 在v1.39版本以后就引入了async关键字&#xff0c;用于支持异步编程。 async fn foo() {}Rust中&#xff0c;async函数或块会被视作一个 Future 对象&#xff0c;async 关键字只是用来定义这个 Future 对象&#xff0c;定义好的这片异步代码并不会自动执行&#xff0c;而是…