推荐两个植物miRNA数据库（miRbase和PNRD）

前记

植物miRNA数据库是储存和整理植物微小RNA（miRNA）相关信息的数据库。miRNA是一类长度为21-24个核苷酸的非编码小分子RNA，能够通过与靶基因的mRNA结合，调控基因表达。植物miRNA数据库通常包含以下内容：

  1. miRNA序列信息：数据库中储存了已知的植物miRNA序列信息，可以通过搜索或浏览功能查找感兴趣的miRNA。

  2. 靶基因预测：数据库通过预测和分析miRNA与靶基因的互作关系，提供了植物miRNA靶基因的预测结果。这些预测结果可以帮助研究者了解miRNA的功能和调控机制。

  3. 表达谱和调控网络：数据库中可能还包含miRNA的表达谱数据，用于了解miRNA在不同组织或生物过程中的表达模式。此外，一些数据库还会展示miRNA参与的调控网络，帮助研究者了解miRNA与其他基因之间的相互作用。

  4. 相关文献和资源链接：植物miRNA数据库通常会提供相关的文献引用和资源链接，帮助用户进一步了解和探索miRNA的研究领域。

常见的植物miRNA数据库包括miRBase、miRDB、PmiREN等，用户可以根据自己的需求选择合适的数据库进行使用。

本文介绍两个好用的数据库，miRBase和PNRD。 

一、miRBase

miRBase是一个维护和提供miRNA（microRNA）序列和注释信息的数据库。miRNA是一类非编码RNA分子，它通过调控基因表达来影响细胞生理过程。miRBase收集了世界范围内已知的miRNA基因，为研究人员提供了一个全面、准确的miRNA资源。

miRBase: the microRNA database

miRBaseicon-default.png?t=N7T8https://www.mirbase.org/ miRBase的主要功能如下：

  1. 提供miRNA序列：miRBase中包含了已知的miRNA序列，这些序列可以用于分析miRNA的结构、功能和进化关系。

  2. 提供miRNA注释信息：miRBase提供了每个miRNA的注释信息，包括基因名称、预测靶向基因、表达模式等。这些注释信息对于研究人员了解miRNA的功能和调控机制非常有帮助。

  3. 提供miRNA家族信息：miRBase将相似的miRNA序列分为家族，并提供了家族成员的信息。这有助于研究人员对miRNA家族的进化和功能进行分析。

  4. 提供miRNA靶向预测工具：miRBase还提供了一些miRNA靶向预测工具，可以帮助研究人员预测miRNA的靶向基因。这对于研究miRNA的功能和调控网络非常重要。

使用miRBase可以通过以下步骤进行：

  1. 打开miRBase网站（http://www.mirbase.org/）。

  2. 在搜索框中输入你感兴趣的miRNA的名称或序列。

  3. 选择搜索结果中的miRNA，浏览其注释信息和相关数据。

  4. 可以进一步探索miRNA家族、预测靶向基因等功能。

总之，miRBase是一个重要的miRNA数据库，提供了全面的miRNA序列和注释信息，帮助研究人员深入了解miRNA的功能和调控机制。

二、PNRD

 PNRD（Plant Non-coding RNA Database）是一个专门用于存储植物非编码RNA（ncRNA）的数据库。ncRNA是指不编码蛋白质的RNA分子，它们在基因调控、RNA加工、染色质结构和细胞命运决定等生物学过程中起着重要作用。

PNRD (Plant Non-coding RNA Database) database

PNRD提供了一个集中管理和查询植物ncRNA的平台。它包含了广泛的植物物种和各种类型的ncRNA，如长非编码RNA（lncRNA）、微小RNA（miRNA）、小核RNA（snRNA）、转运RNA（tRNA）等。

PNRD: Plant Non-coding RNAs database (cau.edu.cn)icon-default.png?t=N7T8http://structuralbiology.cau.edu.cn/PNRD/index.phpPNRD的主要功能包括：

  1. 数据库浏览：用户可以通过浏览数据库来获取有关植物ncRNA的详细信息，如序列、结构、功能、表达模式等。
  2. 数据下载：用户可以下载整个数据库或特定物种的ncRNA数据。
  3. 数据搜索：用户可以通过关键词搜索或高级搜索来查找特定的ncRNA。
  4. 数据分析：PNRD提供了一些实用工具，如序列比对、结构预测和表达分析，帮助用户进一步分析和理解ncRNA的功能。

参考信息

  • miRBase: from microRNA sequences to functionicon-default.png?t=N7T8https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30423142Kozomara A, Birgaoanu M, Griffiths-Jones S
    Nucleic Acids Res (2019) 47:D155-D162
  • miRBase: annotating high confidence microRNAs using deep sequencing dataicon-default.png?t=N7T8https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24275495Kozomara A, Griffiths-Jones S
    Nucleic Acids Res (2014) 42:D68-D73
  • miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing dataicon-default.png?t=N7T8https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21037258Kozomara A, Griffiths-Jones S
    Nucleic Acids Res (2011) 39:D152-D157
  • Xin Yi, Zhenhai Zhang, Yi Ling, Wenying Xu* and Zhen Su*. (2014) PNRD: a plant non-coding RNA database. Nucleic Acids Research. doi:10.1093/nar/gku1162

后记

简单记录一下。

2024.4.13

-------CXGG

未完待续~

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