8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.2.1.二维模拟

8.2.2.类型标签

8.2.3.三斜（非正交）模拟盒子

8.2.4.恒温器

8.2.5.恒压器 

8.2.6.Walls墙

MD 模拟中的墙通常用于限制粒子运动，即充当边界条件。

LAMMPS 中的墙壁可以是粗糙的（由粒子组成）或理想化的表面。理想的壁可以是光滑的，仅在法线方向上产生力，也可以是摩擦力，也在切线方向上产生力。

由粒子构成的粗糙墙壁可以通过多种方式创建。粒子本身可以像任何其他粒子一样通过 lattice 和 create_atoms 命令生成，或者通过 read_data 命令读入。

它们的运动可以受到许多不同命令的约束，因此它们根本不移动，作为一个整体以恒定速度一起移动或响应作用在它们上的净力，以规定的方式移动（例如围绕一个点旋转）等。请注意，如果包含壁粒子的组未使用诸如 fix nve 或者 fix nvt 之类的时间积分fix，则它们的位置和速度将不会更新。

• fix aveforce - 将粒子上的力设置为平均值，以便它们一起移动

• fix setforce - 将粒子上的力设置为一个值，例如0.0

• fix freeze - 冻结颗粒以用作颗粒墙

• fix nve/noforce - 通过速度平流粒子，但没有力

• fix move - 通过线速度、振荡、旋转、变量规定粒子的运动

 fix move命令提供了最通用性，因为可以使用取决于时间和/或粒子位置的 variable公式来指定单个粒子的运动。

对于粗糙的墙壁，通过 neigh_modify exclude 命令关闭墙壁粒子之间的成对相互作用可能很有用。

还可以通过指定不移动且不与移动粒子相互作用的冻结粒子，然后通过 bond将其他粒子束缚到固定粒子来创建粗糙墙。结合的粒子确实与其他移动粒子相互作用。

理想化的墙壁可以通过多个 fix 命令来指定。Fix wall/gran 创建摩擦墙以与颗粒颗粒一起使用；所有其他命令都会创建光滑的墙壁。

• fix wall/reflect - 反射平坦的墙壁

• fix wall/lj93 - 平坦的墙，具有 Lennard-Jones 9/3 势

• fix wall/lj126 -平坦的墙，具有 Lennard-Jones 12/6 势

• fix wall/colloid -平坦的墙，具有pair_style colloid 势

• fix wall/harmonic -平坦的墙，具有排斥谐波弹簧势

• fix wall/morse - 平坦的墙，具有莫尔斯势

• fix wall/region - - 使用区域表面作为墙壁

• fix wall/gran -具有 pair_style granular的平坦或弯曲的墙壁

lj93、lj126、colloid, harmonic, 和morse 类型都允许平坦的墙壁以恒定速度移动，或随时间振荡。 fix wall/region 命令提供了最通用性，因为区域表面被视为墙，并且区域的几何形状可以是简单的原始体积（例如球体、立方体或平面），也可以是由来自原始体积的并集和交集。

Regions 还可以指定指定原始形状或并集或交集的“内部”或“外部”体积。 

Regions 也可以是“动态的”，这意味着它们以恒定的速度移动、振荡或旋转。

目前 LAMMPS 中唯一的摩擦理想化墙壁是由  fix wall/gran 命令指定的平坦或弯曲表面。在某些时候，我们计划允许区域表面用作摩擦墙以及三角表面。