本部分描述了典型的 LAMMPS 输入脚本的结构。 LAMMPS 发行版中的示例目录包含许多示例输入脚本；它在示例文档页面上进行了讨论。

LAMMPS 输入脚本通常有 4 个部分：

1. Initialization 初始化

2. System definition 系统定义

3. Simulation settings 模拟设置

4. Run a simulation 运行模拟

最后两个部分可以根据需要重复多次。例如，运行模拟，更改一些设置，运行更多内容等等。现在将更详细地描述这4个部分中的每一部分。请记住，只有在需要非默认值时才需要使用几乎所有命令。

5.3.1.初始化

设置在创建原子或从文件读入原子之前需要定义的参数。

相关命令有units、dimension、newton、processors、boundary、atom_style、atom_modify。

如果力场参数出现在将要读取的文件中，这些命令会告诉 LAMMPS 正在使用哪种力场：pair_style、bond_style、angle_style、dihedral_style、improper_style。

5.3.2.系统定义

在 LAMMPS 中，有 3 种方法可以定义模拟单元并为力场信息保留空间并用原子填充它。

分别通过 read_data 或 read_restart 命令从 (1) 数据文件或 (2) 重新启动文件中读取它们。

这些文件还可以包含分子拓扑信息。

或者 (3) 创建一个模拟单元，并使用晶格（无分子拓扑）上的原子填充它，使用以下命令：lattice、region、create_box、create_atoms 或 read_dump。

可以使用复制命令复制整组原子以进行更大的模拟。

5.3.3.模拟设置 

一旦定义了原子和分子拓扑，就可以指定各种设置：力场系数、模拟参数、输出选项等。

力场系数由以下命令设置（也可以在读入文件中设置）：pair_coeff、bond_coeff、angle_coeff、dihedral_coeff、improper_coeff、kspace_style、dielectric、special_bonds。

各种仿真参数通过以下命令设置：neighbor、neigh_modify、group、timestep、reset_timestep、run_style、min_style、min_modify。

Fixes施加了各种边界条件、时间积分和诊断选项。修复命令有多种形式。

可以使用compute、compute_modify 和variable 命令指定在仿真期间执行的各种计算。

输出选项由Thermo、dump 和restart 命令设置。

5.3.4.运行模拟

使用 run 命令运行分子动力学模拟。使用最小化命令执行能量最小化（分子静力学）。可以使用 temp 命令运行并行回火（副本交换）模拟