基于转录组计算的肿瘤纯度与病理肿瘤纯度一致性差异

实体瘤组织由肿瘤和非肿瘤细胞组成,如基质细胞和免疫细胞。这些非肿瘤细胞构成肿瘤微环境(TME)的重要组成部分,可降低肿瘤纯度,并在癌变、恶性肿瘤进展、治疗耐药性和预后评估中发挥重要作用。

肿瘤间质比的预后影响

Tumour-stroma ratio and prognosis in gastric adenocarcinoma - PMC (nih.gov)

富基质肿瘤患者5年预后较差(HR 1.80,95% CI 1.41–2.28)与基质贫乏的肿瘤相比。分层分析 显示富含基质的肿瘤在双侧肠道(HR 1.68,95% CI 1.24–2.27)和弥漫性组织学类型(HR 2.09,95% CI 1.35–3.23) 分别与基质贫乏的肿瘤相比。


乳腺癌病理评估差异

The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate - ScienceDirect

然而病理观察存在病理学家的主观影响。

结果:在 47 张 H&E 染色的肺肿瘤载玻片上标记了肿瘤区域。九位病理学家使用 0-5%、6-10%、11-20%、21-30% 等类别独立估计该区域内肿瘤细胞的百分比,直到 91-100%。作为金标准,手动计算肿瘤细胞的百分比。平均而言,每个样本的最低和最高估计值之间的范围为6.3个类别。在33%的估计中,与金本位制的偏差至少为三类。平均绝对偏差为 2.0 个类别(观察者之间的范围为 1.5-3.1 个类别)。观察者之间存在显著差异(P<0.001)。如果将 20% 的肿瘤细胞视为检测突变的下限,则在 27/72 (38%) 的观察中,肿瘤细胞百分比不足 (<20%) 的样本估计含有足够的肿瘤细胞,可能导致假阴性结果。总之,H&E染色载玻片上对肿瘤细胞百分比的估计不准确,这可能导致对测试结果的误解。通过使用带有反馈的训练集,可以提高可靠性。


胃癌中的转录组与病理肿瘤纯度不一致

Comprehensive Characterization of Tumor Purity and Its Clinical Implications in Gastric Cancer - PMC (nih.gov)

然而,两种评估方法之间存在显著差异(图1D,E),这表明形态学评估只能提供GC纯度的定性估计。


文献:

1:Tumour-stroma ratio and prognosis in gastric adenocarcinoma

2:The estimation of tumor cell percentage for molecular testing by pathologists is not accurate 

3:Comprehensive Characterization of Tumor Purity and Its Clinical Implications in Gastric Cancer

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