Linux进阶

Vim——Linux自带的文本编辑器

功能强大

命令模式

• 使用 vim <file>进入后的默认模式
• 可以上下左右移动光标
  • 方向键/hjkl
  • 快速到所在行的开头^/末尾$
  • 向下移动30行30j（上左右同）
  • 上下翻页Ctrl+f向上，Ctrl+b向下翻页
  • 快速回到文件第一行的第一个字符gg
  • 快速回到文件底部第一个字符G
• 可以剪切字符/整行、也可以复制粘贴
  • 剪切x，连续剪切10个字符10x
  • 剪切所在行dd,剪切所在行及向下共10行10dd
  • 粘贴到所在行的下面p/上面P粘贴
  • 复制光标所在行yy,复制所在行及下面10行10yy
• 撤销u
• 重做上一个动作Ctrl+r

编辑模式

输入i后进入编辑模式

按Esc退出编辑模式

末行模式

在命令模式下输入:

按Esc退出该模式

• 在该模式下可以设置、查询、替换、保存并退出
• 保存退出
  • 保存并退出wq
  • 直接退出q
  • 不保存修改，强制退出q!
• 查询
  • 输入/<KEYWORD>进行查询
  • 按n向下查找，按N向上查找
• 替换
  • :%s///g全局替换
  • :s///g替换光标所在行
  • :s///只替换光标所在行的第一次出现

set系列命令

1. :set nu显示行号；:set nonu取消显示行号
2. :set list显示不可见字符（分辨制表符表格等）
3. :set nowrap单行显示
4. :set ff-unix将文件格式转换为unix格式
   • ff file format文件格式

• 不同平台关于回车键的设置不同：Windows: \r \n; Mac: \r; Linux: \n. 解决方法之一：vim中的:set ff-unix。解决方法之二：dos2unix (unix2mac…)

异常情况处理

1. E325:ATTENTION

   swp文件：使用vim编辑的时候未保存产生的缓存的文件

   第一种情况为其他程序正在修改。

   第二种情况为保存修改之前和服务器断开连接。

   可以-r（recovery）恢复，恢复保存后删除缓存文件[swp]。

2. vim的帮助文档：vimtutor zh_CN

文本处理的三驾马车

grep

一种强大的文本搜索工具，可以匹配正则表达式

• 格式：grep [options] ‘pattern’ file

• 常见参数

  • -w 精准查找某个关键词word

  • -c统计匹配成功的行的数量

  • -v 反向选择，输出没有匹配的行

  • -n 显示匹配成功的行的所在行号

  • -r 从目录中查找pattern，显示所在行

    在目录中的所有文件中查找（不会查找压缩文件）

  • -e 指定多个匹配模式

    cat file | grep -w -e 'exon' -e 'UTR'  #-e和pattern成对出现
    

  • -f 从指定文件中读取要匹配的pattern

    使用vim把多个个关键词写入file2中，一行一个

  • -i 忽略大小写

• 正则表达式

  • ^行首

  • $行尾

  • .换行符之外的任意单个字符

  • ? 匹配前一字符出现了0次/1次的情况（扩展正则表达式，需要使用\?或在参数位置使用-E开启优先正则表达式模式来匹配? ）

  • + 匹配前一字符出现了1次/多次的情况（扩展正则）

  • * 匹配前一字符出现了0次/多次的情况

  • [] 匹配任意一个字符

    [AT]匹配A/T

  • [^] 排除字符

    [^aB]

  • |或

sed

流编辑器，一般对文本进行增删改查

针对行进行的动作

• 用法：sed [-options] ‘script’ file(s)

• 常见参数[-options]

  • -n 禁止显示所有输入内容，只显示经过sed处理的行（常用）
  • -e 直接在命令模式上进行sed的动作编辑，接要执行的一个或多个命令
  • -f 执行含有sed动作的文件
  • -r sed的动作支持扩展正则
  • -i 直接修改读取的文件内容,会直接修改源文件

• 动作script：[address]command

  • address

    2：第2行

    2,4：第2-4行

    2,$：第2行到最后一行

    2~3：从第2行开始，每隔3行处理一次（2、5、8）

    2，+4：从第2行开始，到第2+4行

    /pattern/：匹配上pattern的行

    !：表示否定，取反，例如2！表示动作在除了第二行以外的行

  • command：增改删查

    a (append) 在指定行后增加一行，内容为a后面接的字符串

    i (insert) 在指定行的前增加一行，内容为i后面接的字符串

    d (delete) 删除某一行或某几行

    c (change) 改变指定行的内容

    s 更改或替换字符串，使用格式s/pattern/new/[flags]，意为把pattern替换成new，flags表示替换第几个，1/2/g

    y 转换，实现字符一对一转换，格式y/abc/ABC 意为abc一对一替换成ABC，符号也支持

    p (print) 把匹配或修改过的行打印出来，通常与-n 参数合用

awk

也成为gawk，编程语言，可对文本和数据进行处理

• 常见参数：

  -F (fields)设置字段分隔符

• 用法：awk [options] ‘{script}’ file

  ##基础结构
  '{script}'
  ##匹配结构
  '/pattern/{script}'
  ##扩展结构
  'BEGIN{script} {script} END{script}'
  

• awk使用预定义的字段分隔符划分每个数据字段，分配给一个变量。

  • $0 代表整个文本行

  • $1 代表文本行的第一个数据字段（列）

    。。。

  • $NF 代表文本行的最后一个数据字段（列）

• 默认分隔符是任意空白字符（空格/制表符），也可以使用参数-F自定义分隔符

• 内置变量：

  • FS 定义输入字段分隔符
  • RS 定义输入记录分隔符
  • OFS 定义输出字段分隔符
  • ORS 定义输出记录分隔符
  • NF 数据文件中的字段总数，简单理解为列数
  • NR 已处理的输入记录数，可以简单理解为行数

  cat Data/example.gtf | awk 'BEGIN{OFS= ":"} {print $3,$4,$5}' | head -5
  cat Data/example.gtf | awk 'BEGIN{FS="\t";OFS=";"} {print NR, $9}'|head -5
  

• awk条件和循环语句

  • if条件判断

    awk '{if(条件) {yes} else {no}}'
    #例子
    awk'{if($3=="gene") print $0}'  ##类似R逻辑值去子集
    

• awk数学运算

  

• cut的默认分隔符是分隔符，awk的列之间是根据写法不同改变。

Linux常见符号及其含义

引用自生信技能树课程~

今天内容比较多一些，还需要时间消化，还是先记下来以后慢慢理解~