R语言基础绘图 —— 饼图piechart
数据准备
这里展示变异注释类型所占百分比：
filename <- "data/Count_by_effects.csv"
df <- read.csv(filename)
# 去除百分比符号，并转换为数值
df$Percent <- as.numeric(gsub("%", "", df$Percent))
# 四舍五入到4位小数
df$Percent <- round(df$Percent, 2)
df <- df[order(-df$Percent), ][1:10, ]
head(df)
baseR绘制饼图
调用 pie() 函数即可：
library(Cairo)
library(paletteer)
colors <- paletteer_d("ggthemes::Classic_Green_Orange_12")
CairoPDF("test.pdf", width=7, height=2.5)
par(mar=c(0, 0, 0, 8), oma=c(0, 0, 0, 15))
# 增加科学计数法的惩罚值
options(scipen = 999)
pie(x = df$Count,
labels = "",
cex = 1,
radius = 1,
clockwise = TRUE,
col = colors,
border = NA,
main = NA)
# 添加图例
legend(x = 1.2,
y = 1,
legend = paste0(df$Type, " (", df$Percent, "%)"),
bty = "n",
fill = colors,
border = NA,
#title = "SNP effect",
xpd = NA,
cex = 1)
dev.off()
-
x: 这个参数接受一个数值向量，表示每个饼图片段的大小。 -
labels: 用于指定每个饼图片段旁边显示的标签。这里因为我们的类别太多，如果都展示的话会显得很拥挤，所以这里给一个空的字符串。 -
cex: 字符扩展大小（Character EXpansion size）。这个参数用于控制标签的字体大小，其中**1是默认大小，小于1的值会缩小字体，大于1**的值会放大字体。 -
radius: 饼图的半径，可以用来控制饼图的大小。在这里，**radius = 1**表示使用默认的半径大小。 -
clockwise: 一个逻辑值（TRUE或FALSE），用于指定饼图的绘制方向。**TRUE表示饼图的片段将按顺时针方向绘制，而FALSE**（默认值）表示按逆时针方向绘制。 -
col: 为饼图的每个片段指定颜色。**colors是一个颜色向量，它的长度应该和x**参数的长度相匹配。每个饼图片段将按照这个向量中颜色的顺序进行着色。 -
main: 指定饼图的主标题。
注意：我们这里绘制的图例标签非常长，为了将其完全展示出来，需要设置这几个参数：
-
图片长宽
-
使用**
par(mar=c())或par(oma=c())调整边界。mar用于设置图形四周的边界大小，而oma**用于设置外边界大小。 -
**
inset=c(-0.3, 0)和xpd=NA**参数确保图例即使很长也不会被裁剪，且能够完全展示在绘图区域之外。
ggplot2绘制饼图
ggplot2 可以通过设置坐标轴的方式将条形图转换为饼图。
用 ggplot2 绘制饼图的优势在于我们可以更精细的控制图形的细节，例如特定主题，图例标题的位置等，但由于 ggplot2 并没有原生的饼图函数，所以我们无法很方便的像 baseR 绘图那样为饼图的每个区域添加指定的文本标签。
library(ggplot2)
library(dplyr)
df$Type <- factor(df$Type, levels = df$Type)
p <- ggplot(df, aes(x = "", y = Count, fill = Type)) +
geom_bar(stat = "identity", width = 1) +
coord_polar("y", start = 0) +
scale_fill_manual(
values = colors,
labels = paste0(df$Type, " (", df$Percent, "%)")
) +
labs(fill = "SNP effect type") +
theme_void() +
theme(
legend.text = element_text(size = 12),
legend.key.size = unit(0.5, "cm"),
legend.title = element_text(size = 14, face = "bold"))
CairoPDF("test2.pdf", width=7, height=3)
print(p)
dev.off()
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