【医学图像处理】ECAT和HRRT格式转nii格式【超简单】

之前从ADNI上下载PET数据的时候发现有许多数据的格式不是DICOM的而是ECAT或者是HRRT格式，这对原本就少的PET数据是血上加霜啊。
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当然只使用DICOM格式的数据也会得到不少的数据，我一开始也是只使用DICOM格式的样本，后来为了得到更多的数据，自己研究了如何将这两种格式的PET数据转成nii格式。防止以后需要用到的时候忘记，故写此博客。

1 简单介绍一下ECAT和HRRT格式

这两种格式都用于存储 PET 图像数据，但它们在一些方面有所不同。
a) ECAT 格式:
ECAT (EmotionCore Annotation Tool) 格式是一种广泛使用的 PET 数据格式，它是一种标准化的格式，通常用于存储 PET 成像数据。
ECAT 格式具有良好的可移植性和广泛的支持，因此在许多 PET 成像研究和应用中得到了广泛使用。
ECAT 格式的文件通常包含有关扫描参数、图像信息以及可能的附加数据（例如扫描时间、注射剂量等）。
它是一种比较通用的格式，可以轻松地在不同的 PET 成像软件和工具之间进行交换和处理。b)HRRT 格式:
HRRT (High-Resolution Research Tomograph) 格式是一种针对特定类型的 PET 仪器设计的格式。
HRRT 是一种高分辨率 PET 成像系统，专门用于进行高分辨率的 PET 成像研究，特别是用于神经科学和脑成像研究。
HRRT 格式通常包含有关高分辨率 PET 图像的详细信息，例如空间分辨率、灵敏度和动态范围等。
对于特定类型的研究，尤其是需要高分辨率成像的神经科学研究，HRRT 格式提供了更详细和准确的成像数据。
(以上内容生成与chatgpt3.5仅供参考）

2 ECAT转nii

使用工具：Matlab、SPM12
1、首先在Matlab中安装SPM12
2、在命令行中输入spm，打开spm
3、在弹出的窗口中选择PET按钮点击
4、点击Batch
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5、安装下图步骤打开ECAT Import

6、选择原文件转格式
原文件如下：是一个.v的文件

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运行完成后会得到几个nii文件，选择一个即可（生成文件会存放到Matlab的工作路径，记得切换一下路径不然会默认生成到Matlab的bin路径下）

3、HRRT转nii

HRRT转nii就需要用到另外一个工具了，就是Debabeler，我是从The First Step for Neuroimaging Data Analysis: DICOM to NIfTI conversion这篇文章中了解到这个工具的，这篇文章很详细的介绍了各种格式的转换方法。
1、下载Debabeler：官网下载
2、原文件如下：有多个文件，直接打开是打开不了的
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3、点击run.bat文件打开Debabeler，打开之后会弹出窗口让我们选择xml文件，这个就是你需要进行哪种转换就选择哪个xml文件，可以看到这个工具可以进行许许多多的格式转换，包括ECAT转nii，这里我们选择HrrtInterfileToNifti_22Nov2006.xml也就是HRRT转nii，点击打开。
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4、输入原文件

选择完成后点击下面红色框按钮即可

转换完成后会在原文件路径下生成一个nii文件，这个就是我们想要的

DICOM转nii格式我也有写过文章，详见【医学影像处理】基于MRIcron的dcm2nii批量dcm转nii格式
另外关于PET预处理的我也写过，详见【医学图像处理】超详细！PET图像批量预处理