当有多个环境特定的配置文件时，Spring Boot通过一种被称为“profile-specific”的属性覆盖机制来处理这些配置文件。

简单来说，Spring Boot首先加载默认配置文件（即application.properties或application.yml），然后加载所有active profiles对应的环境特定配置文件。在加载过程中，如果出现重复的属性，那么后加载的配置文件中的值将覆盖先加载的配置文件中的值。

具体的覆盖规则如下：

1. 默认配置文件中定义的属性值可以被任何环境特定的配置文件覆盖，无论这些环境特定的配置文件是否对应当前active的profiles。

2. 对于同一个profile，如果在不同位置的配置文件中定义了相同的属性（如在CLASSPATH的root和/config子目录、当前目录的root和/config子目录中都定义了相同的属性），那么会按照以下优先级覆盖属性值：当前目录的/config子目录 > 当前目录的root > CLASSPATH的/config子目录 > CLASSPATH的root。

3. 如果设置了多个active的profiles，例如通过spring.profiles.active=dev,prod指定了dev和prod两个profiles，那么会按照它们在列表中的顺序加载对应的环境特定的配置文件。在这种情况下，如果有重复的属性，那么后加载的配置文件中的值会覆盖先加载的配置文件中的值。

这种属性覆盖机制使得我们能够方便地为不同的环境定制配置。例如，我们可以在默认配置文件中设定共享的属性值，然后在各个环境特定的配置文件中设定该环境的特定属性值。在运行应用程序时，只需指定相应的profile，Spring Boot就会自动加载和应用对应的配置。