植物miRNA数据库PmiREN2.0的使用

前记

miRNA数据库是一个用于存储和分析microRNA(miRNA)序列和相关信息的数据库。miRNA是一类具有约20-24个核苷酸的非编码小RNA分子,通过调控基因表达来参与细胞生物学过程。miRNA数据库中通常包含miRNA序列、miRNA靶向基因、miRNA表达谱、miRNA功能注释等信息。常见的miRNA数据库包括miRBase、miRDB、miRTarBase等。这些数据库提供了丰富的miRNA数据资源,可以帮助研究人员进行miRNA的功能注释、靶向基因预测和生物学过程分析等研究工作。

一、PmiREN数据库介绍

PmiREN(Plant miRNA ENcyclopedia)是一个全面的植物 miRNA 功能数据库。在 2.0 版中,它包含了从叶绿体到被子植物的 179 个物种的 38,186 个 miRNA 位点(MIR),隶属于 7,838 个科、1,668 个同源区块和 141,327 对预测的 miRNA-靶标。此外,2331 个深度测序的小 RNA 文库被用于量化 miRNA 表达模式,116 个 PARE-Seq 文库被用于验证预测的 miRNA 对。与 1.0 版相比,PmiREN2.0 不仅保留了完整的功能,还增加了 11 个新工具,用于深度数据挖掘和实验实践,促进了从数据收集到全功能知识库的过渡。

官网地址:

PmiREN: Plant microRNA Encyclopediaicon-default.png?t=N7T8https://www.pmiren.com/打开后,界面如下所示:

PmiREN2.0官网

 二、PmiREN2.0数据库使用

 1、Browse选项

点击后可以按照物种分类去去查询对应物种的miRNA信息,如下所示:

2、Search选项

点击后可以按照物种分类去去查询对应物种的miRNA信息,如下所示:

 

 可以看到有以下几种方式进行检索:

By miRNA identifier or keyword
By Sequence
By genomic location
By clusters
By expression
By syntenic blocks
By target genes 

3、Download选项

 此页面可以下载miRNA相关信息文件,可以通过FTP服务器下载。

4、Documentation选项

此页面提供了该网站的基本信息,使用的方法和功能介绍。

5、Resources选项

该网站也提供了很多工具和资源。例如miRNA Databases,里面有很多数据库资源。

miRNA Databaseshttps://www.pmiren.com/database

6、Tools选项

提供了很多miRNA相关工具。 

7、Community选项

为软件的使用者提供了交流平台。

8、Submit选项

向数据库提交miRNA信息。

9、 Contact选项

 三、示例使用

以玉米的miR156为例,直接搜索如下。

结果如下,显示所有的靶基因等信息。

点开第一个Zma-MIR156a,可以看到详细信息。

1、基本信息

基本信息

2、二级结构和序列

3、聚类和共线性信息

 4、表达谱信息

5、靶基因信息

6、不同物种保守性

后记

以上是PmiREN数据库的简单介绍和使用方法了,具体的细节还需自行探究。

2024.3.15

----by CXGG

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