在Ubuntu系统中要干净地卸载软件，意味着不仅移除软件本身，还包括它的配置文件以及可能存在的依赖关系。以下是几种确保干净卸载的方法：

方法1：使用apt-get

通过命令行进行卸载，这是最常用且能处理依赖关系的方式：

1. 卸载软件包（保留配置文件）：

   sudo apt-get remove 软件包名
   

2. 彻底卸载软件包及其配置文件：

   sudo apt-get purge 软件包名
   

3. 清理不再需要的依赖包：

   sudo apt-get autoremove
   

方法2：结合使用

通常，为了更完整地清理，你可以按照以下步骤来操作：

# 首先彻底卸载目标软件及配置
sudo apt-get purge 软件包名# 然后清理不再需要的依赖项
sudo apt-get autoremove

方法3：通过Ubuntu Software Center或GNOME Software

如果你偏好图形界面操作：

1. 打开Ubuntu Software（或GNOME Software）。
2. 导航至“已安装”部分。
3. 选择你想要卸载的软件。
4. 点击“卸载”按钮，并根据提示完成卸载过程。

方法4：对于手动安装的、非apt管理的软件

如果软件不是通过apt安装的，可能需要查看软件提供的自定义卸载脚本或手动删除相关的目录和文件。但这通常比较复杂，因为需要手动查找所有相关组件。建议尽量通过官方支持的包管理工具进行安装和卸载，以保持系统的清洁和有序。

总的来说，使用apt-get purge 和 apt-get autoremove 的组合基本上可以确保软件被干净彻底地从系统中卸载掉。