在疾控中心的污水采样过程中，可能会遇到多种困难。

首先，污水的成分可能非常复杂，包括各种细菌、病毒、寄生虫、重金属、化学物质等，这给采样带来了很大的挑战。其次，污水中的有害物质可能会对采样设备和人员造成损害或污染，例如腐蚀设备或引发健康问题。此外，不同来源和性质的污水可能需要采用不同的采样和处理方法，这增加了操作的复杂性。

另外，由于污水可能含有大量悬浮物和杂质，采样的准确性和可靠性可能会受到影响。在某些情况下，污水可能具有强烈的刺激性或恶臭，这使得采样过程变得非常困难和不适。此外，由于污水可能随时发生变化，因此需要定期进行校准和验证，以确保采样的准确性和可靠性。

除了技术上的困难外，污水采样还可能面临其他挑战。例如，由于采样点可能分布在不同的区域和位置，因此需要进行有效的协调和管理。此外，由于采样工作可能需要长时间持续进行，因此需要保证设备和人员的可靠性和稳定性。

总之，疾控中心在污水采样过程中可能会遇到多种技术和非技术上的挑战。为了确保采样的准确性和可靠性，需要采取有效的措施来克服这些困难，并加强采样工作的管理和协调。这包括选择适当的采样设备和方法、加强设备维护和校准、提高人员素质和能力、加强质量控制和质量保证等方面的工作。