JCIM | MD揭示PTP1B磷酸酶激活RtcB连接酶的机制

Background

内质网应激反应(UPR) 中的一个重要过程。UPR是由内质网中的三种跨膜传感器(IRE1、PERK和ATF6)控制的细胞应激反应,当内质网中的蛋白质折叠能力受到压力时,UPR通过减少蛋白质合成和增加未折叠或错误折叠蛋白质的分泌和降解来恢复细胞稳态。RtcB连接酶在IRE1介导的XBP1 mRNA剪切中起着关键作用,通过连接两个外显子形成XBP1s剪接异构体,进而激活与内质网相关降解相关的基因转录。此研究使用了多种计算方法,包括蛋白质-蛋白质对接、量子力学/分子力学(QM/MM)模拟和经典分子动力学(cMD)模拟。

Highlights

  • 蛋白质-蛋白质对接:揭示了RtcB和PTP1B之间的关键相互作用残基,特别是磷酸化的Tyr306与PTP1B的Arg47和Lys120形成氢键和盐桥相互作用。

  • 经典MD模拟:强调了Asp181在PTP1B激活中的关键作用,它驱动了WPD环从开放到闭合的构象变化。

  • QM/MM-MD模拟:提供了RtcB去磷酸化反应机制的自由能景观,该反应由PTP1B磷酸酶介导。

  • 计算资源和性能:QM/MM WT-MetaD模拟在Dardel超级计算机上进行,展示了模拟的计算效率。

研究揭示了PTP1B的WPD环(残基179-187)在催化活性中的作用,特别是Asp181在反应的第一步和第二步中分别作为广义酸和广义碱。研究还探讨了Asp181在活性和非活性状态下的局部化学微环境对其pKa值的影响。这项研究为理解UPR中RtcB连接酶的激活机制提供了新的见解,并可能为治疗与内质网应激相关的疾病提供新的策略

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/678805.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

《计算思维导论》笔记:10.4 关系模型-关系运算

《大学计算机—计算思维导论》(战德臣 哈尔滨工业大学) 《10.4 关系模型-关系运算》 一、引言 本章介绍数据库的基本数据模型:关系模型-关系运算。 二、什么是关系运算 在数据库理论中,关系运算(Relational Operatio…

《Docker极简教程》--Docker基础--Docker的核心组件

一、Docker引擎 unsetunset1.1 Docker引擎的组成和功能unsetunset Docker 引擎是 Docker 平台的核心组件,它负责容器的创建、管理和运行。Docker 引擎主要包括两个主要组件:Docker 守护程序(Docker Daemon)和 Docker 客户端&#…

蓝桥杯Web应用开发-CSS3 新特性【练习一:属性有效性验证】

练习一&#xff1a;属性有效性验证 页面上有一个邮箱输入框&#xff0c;当你的输入满足邮箱格式时&#xff0c;输入框的背景颜色为绿色&#xff1b;当你的输入不满足要求&#xff0c;背景颜色为红色。 新建一个 index2.html 文件&#xff0c;在其中写入以下内容。 <!DOCTYP…

1.7 Binance_interface API U本位合约交易账户

Binance_interface API U本位合约交易账户 Github地址PyTed量化交易研究院 1. API U本位合约交易账户接口总览 方法解释Pathset_positionSide_dual更改持仓模式/fapi/v1/positionSide/dualget_positionSide_dual查询持仓模式/fapi/v1/positionSide/dualset_multiAssetsMargi…

读书笔记之《重塑大脑重塑人生》:大脑强大的可塑性

《重塑大脑重塑人生》作者是诺曼道伊奇&#xff0c;原作名: The Brain That Changes Itself: Stories of Personal Triumph from the Frontiers of Brain Science &#xff0c;于 2015-1-20出版。 诺曼•道伊奇&#xff08;Norman Doidge&#xff09;是医学博士&#xff0c;精…

【JavaEE】传输层网络协议

传输层网络协议 1. UDP协议 1.1 特点 面向数据报&#xff08;DatagramSocket&#xff09;数据报大小限制为64k全双工不可靠传输有接收缓冲区&#xff0c;无发送缓冲区 UDP的特点&#xff0c;我理解起来就是工人组成的**“人工传送带”**&#xff1a; 面向数据报&#xff08;…

ubuntu22.04 安装部署04:经常死机,鼠标,键盘无响应

相关文章&#xff1a; ubuntu22.04 安装部署01&#xff1a;禁用内核更新 ubuntu22.04安装部署02&#xff1a;禁用显卡更新 ubuntu22.04安装部署03&#xff1a; 设置root密码 一、现象说明 1. 开机一小时后&#xff0c;突然之间网络掉线&#xff0c;鼠标、键盘无反应。 2.…

中国判决生效,诺基亚全面与中国手机签署授权协议,降低专利费

日前媒体报道指诺基亚与中国两家手机企业都签署了专利授权协议&#xff0c;全面结束诉讼&#xff0c;而这一切正是在OPPO于去年底在重庆法院就OPPO与诺基亚的专利费诉讼问题&#xff0c;做出裁决之后&#xff0c;要求诺基亚按公平、公正等合理收费原则收取专利费。 这几年诺基亚…

C语言的字符函数的使用与模拟实现

各位少年&#xff0c;大家好&#xff0c;我是博主那一脸阳光&#xff0c;今天给大家分享字符函数的使用与模拟实现。 前言&#xff1a;如果你想使用一个锤子非常方便&#xff0c;直接使用做好的就行&#xff0c;但是锤子是怎么构成的&#xff0c;你就不知所云了&#xff0c;模拟…

8 scala的共生对象

1 单例对象 在编写 Java 程序时&#xff0c;我们经常会通过编写静态方法代码&#xff0c;去封装常用的 Utility 类。 在 Scala 中没有静态成员这一概念&#xff0c;所以&#xff0c;如果我们要定义静态属性或方法&#xff0c;就需要使用 Scala 的单例对象 object。Scala 的对…

CSS动画简述

CSS中的动画用法主要是通过使用关键帧动画&#xff08;keyframes&#xff09;来定义动画的不同阶段及其样式。下面是一个例子&#xff1a; <!DOCTYPE html> <html> <head><style>/* 定义关键帧动画 */keyframes example {0% {background-color: red;}…

系统架构22 - 软件架构设计(1)

软件架构设计 概述关键步骤 生命周期需求分析阶段设计阶段实现阶段构件组装阶段部署阶段后开发阶段 概述 从需求分析到软件设计之间的过渡过程称为软件架构&#xff08;Software Architecture, SA&#xff09;。只要软件架构设计好了&#xff0c;整个软件就不会出现坍塌性的错…

一个简单的2024龙年倒计时页面html源码

预览如下 复制粘贴下面的代码&#xff0c;另存为html文件即可打开&#xff0c;文字链接都可以更改&#xff1a; <!doctype html> <html> <head> <meta charset"utf-8"> <title>2024新年倒计时</title> <style>::-webki…

C语言--------数据在内存中的存储

1.整数在内存中的存储 整数在内存是以补码的形式存在的&#xff1b; 整型家族包括char,int ,long long,short类型&#xff1b; 因为char类型是以ASCII值形式存在&#xff0c;所以也是整形家族&#xff1b; 这四种都包括signed,unsigned两种&#xff0c;即有符号和无符号&am…

【安装记录】安装 netperf 和 perf

这是一篇发疯随笔X.X 我的环境是虚拟机debian12&#xff0c;出于种种原因&#xff0c;之前直接使用apt-get install netperf apt-get install perf指令直接安装&#xff0c;报错找不到包 然后上网搜了一堆教程&#xff0c;有说下载netperf源码编译的&#xff0c;那些教程里面有…

sklearn中一些简单机器学习算法的使用

目录 前言 KNN算法 决策树算法 朴素贝叶斯算法 岭回归算法 线性优化算法 前言 本篇文章会介绍一些sklearn库中简单的机器学习算法如何使用&#xff0c;一些注释已经写在代码中&#xff0c;帮助一些小伙伴入门sklearn库的使用。 注意&#xff1a;本篇文章只涉及到如何使用…

React - 分页插件默认是英文怎么办

英文组件的通用解决方案 这里以分页插件为例&#xff1a; 大家可以看到&#xff0c;最后的这个页面跳转提示文字为Go to&#xff0c;不是中文&#xff0c;而官网里面的案例则是&#xff1a; 解决方案&#xff1a; import { ConfigProvider } from antd; import zhCN from an…

3D高斯溅射:面向三维场景的实时渲染技术

1. 前言 高斯溅射技术【1】一经推出&#xff0c;立刻引起学术界和工业界的广泛关注。相比传统的隐式神经散射场渲染技术&#xff0c;高斯溅射依托椭球空间&#xff0c;显性地表示多目图像的三维空间关系&#xff0c;其计算效率和综合性能均有较大的提升&#xff0c;且更容易理…

装箱问题+宠物小精灵之收服+数字组合——01背包

一、装箱问题 (裸题) 有一个箱子容量为 V&#xff0c;同时有 n 个物品&#xff0c;每个物品有一个体积&#xff08;正整数&#xff09;。 要求 n 个物品中&#xff0c;任取若干个装入箱内&#xff0c;使箱子的剩余空间为最小。 输入 第一行是一个整数 V (0 < V ≤ 20000)&…

微服务OAuth 2.1认证授权可行性方案(Spring Security 6)

文章目录 一、背景二、微服务架构介绍三、认证服务器1. 数据库创建2. 新建模块3. 导入依赖和配置4. 安全认证配置类 四、认证服务器测试1. AUTHORIZATION_CODE&#xff08;授权码模式&#xff09;1. 获取授权码2. 获取JWT 2. CLIENT_CREDENTIALS(客户端凭证模式) 五、Gateway1.…