R语言阈值效应函数cut.tab2.0版发布(支持线性回归、逻辑回归、cox回归,自定义拐点)

阈值效应和饱和效应是剂量-反应关系中常见的两种现象。阈值效应是指当某种物质的剂量达到一定高度时,才会对生物体产生影响,而低于这个剂量则不会产生影响。饱和效应是指当某种物质的剂量达到一定高度后,其影响不再随剂量的增加而增加,即产生饱和现象。这两种效应在药物、毒物、营养物质等剂量-反应关系中都有应用。
接下来聊聊RCS阈值函数是干什么用的,随便抓一篇论文给大家看看,粉丝发给我的。
L-shaped association of serum 25-hydroxyvitamin D concentrations
with cardiovascular and all-cause mortality in individuals with osteoarthritis: results
from the NHANES database prospective cohort study

在这里插入图片描述
我们看到它曲线拟合后直接就是一个表

在这里插入图片描述
在这里插入图片描述
列出了25(OH)D在54.4就是转弯处前对结局影响的HR,还有在转弯后对结局影响的HR。

在既往我们在文章《cox回归RCS阈值效应函数cut.tab1.3发布》发布了自写的阈值效应函数1.3版本,反应还不错,不过1.3版本只能支持cox回归,本次发布了新的2.0版本,支持线性回归、逻辑回归、cox回归, 还有自定义拐点功能。泊松回归还不支持,目前正在开发中。下面我来演示一下,怎么通过ggrcs包做出上面论文这样一个图和自写的函数cut.tab20版来做出这样一个表
我们先导入数据和R包,数据使用ggrcs包的自带数据

library(ggrcs)
library(rms)
library(ggplot2)
library(scales)
library(cowplot)
library(survey)
dt<-smoke

在这里插入图片描述
这是ggrcs包自带的吸烟数据status结局,time时间,age年龄,gender性别,我们先整理数据

dd<-datadist(dt)
options(datadist='dd')

建立模型

fit <- cph(Surv(time,status==1) ~ rcs(age,4), x=TRUE, y=TRUE,data=dt)

绘图

ggrcs(data=dt,fit=fit,x="age")

在这里插入图片描述
我们绘图好以后想要了解它的拐点,需要先导入我写的函数

source("E:/r/test/20final.R")

导入成功后,左侧应该生成19个函数,表明已经成功导入
在这里插入图片描述
接下来咱们还要建一个新的fit1和原来的fit稍微有点不一样的,这个是没有rcs函数的。自己比较一下。(划重点)

fit1 <-cph(Surv(time,status==1) ~ age,data=dt)

接下来使用cuttab函数生成拐点数据,这里注意一下,新版本和旧版本不同的是这里是cph生成生存模型,cuttab重点是没有点这个符号的。

out<-cuttab(fit1,"age",dt)

最终函数定义的拐点是38.449,新版本还支持自定义拐点设置,等会演示。这个表我要说明一下d6这里这个似然比只是表明它是不是直线,似然比大于0.05说明是个直线,并不是说直线就没有意义了(等下我再解释一下),P值这里主要看的是分段的P值。

最后生成节点的虚线

p<-ggrcs(data=dt,fit=fit,x="age")
p+geom_vline(aes(xintercept=40),colour="#BB0000", linetype="dashed")

在这里插入图片描述
发个旧版本的操作视频

代码+视频,手把手教你R语言ggrcs包绘制限制立方样条图+阈值效应分析

需要获取cut.tab2.0版函数的请看这篇文章:

R语言阈值效应函数cut.tab2.0版发布(支持线性回归、逻辑回归、cox回归,自定义拐点)

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/670341.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

编译DuiLib库遇到的变量定义位置问题

C89 规定&#xff0c;所有局部变量都必须定义在函数开头&#xff0c;在定义好变量之前不能有其他的执行语句&#xff1b; C99 标准取消这这条限制&#xff0c;但是 VC/VS 对 C99 的支持不是很积极&#xff1b; C99 是 C89 的升级版&#xff1b; 如图是修改之后的代码&#xff1…

AI专题:海外科技巨头指引,AI主线逻辑依旧坚挺

今天分享的是AI 系列深度研究报告&#xff1a;《AI专题&#xff1a;海外科技巨头指引&#xff0c;AI主线逻辑依旧坚挺》。 &#xff08;报告出品方&#xff1a;华西证券&#xff09; 报告共计&#xff1a;54页 本周热点:海外科技巨头指引&#xff0c;AI主线逻辑依旧坚挺 硬件…

介绍docker

一&#xff1a;介绍docker&#xff1a; Docker 并没有单独的图形界面&#xff0c;它主要通过命令行来进行管理和操作 1、 docker ps&#xff1a;显示正在运行的容器。 docker images&#xff1a;显示本地的镜像。 docker run&#xff1a;创建并启动一个新容器。 docker stop&a…

高速接口PCB布局指南(二)通用高速信号布线

高速接口PCB布局指南&#xff08;二&#xff09;通用高速信号布线 1.PCB材料编织2.高速信号布线长度3.高速信号布线长度匹配4.高速信号参考平面 tips&#xff1a;资料主要来自网络&#xff0c;仅供学习使用。 1.PCB材料编织 在常见的 PCB 材料上为差分信号布线时&#xff0c;…

Java笔记 --- 六、IO流

六、IO流 概述 分类 纯文本文件&#xff1a;Windows自带的记事本打开能读懂的 eg&#xff1a;txt文件&#xff0c;md文件&#xff0c;xml文件&#xff0c;lrc文件 IO流体系 字节流 FileOutputStream 操作本地文件的字节输出流&#xff0c;可以把程序中的数据写到本地文件中…

如何进行游戏服务器的负载均衡和扩展性设计?

​在进行游戏服务器的负载均衡和扩展性设计时&#xff0c;需要考虑多个方面&#xff0c;以确保服务器的稳定性和可扩展性。以下是一些关键的步骤和考虑因素&#xff1a; 负载均衡的需求分析 在进行负载均衡设计之前&#xff0c;需要深入了解游戏服务器的负载特性和需求。这包括…

2024.2.5 vscode连不上虚拟机,始终waiting for server log

昨天还好好的&#xff0c;吃着火锅&#xff0c;做着毕设&#xff0c;突然就被vscode给劫了。 起初&#xff0c;哥们跟着网上教程有模有样地删除了安装包缓存&#xff0c;还删除了.vscode-server&#xff0c;发现没卵用&#xff0c;之前都是搜那个弹窗报错。 后来发现原来是vsco…

mac检查CPU温度和风扇速度软件:Macs Fan Control Pro 1.5.17中文版

Macs Fan Control Pro for Mac是一款专业的电脑风扇控制工具&#xff0c;旨在帮助Mac用户有效控制电脑的风扇速度&#xff0c;提高电脑的运行效率和稳定性。 软件下载&#xff1a;Macs Fan Control Pro 1.5.17中文版 该软件支持多种风扇控制模式和预设方案&#xff0c;用户可以…

三层交换组网实验(思科)

华为设备参考&#xff1a;三层交换组网实验&#xff08;华为&#xff09; 一&#xff0c;技术简介 三层交换技术的出现&#xff0c;解决子网必须依赖路由器进行管理的问题&#xff0c;解决传统路由器低速、复杂所造成的网络瓶颈问题。一个具有三层交换功能的设备可简单理解为…

Zephyr NRF7002 实现AppleJuice

BLE的基础知识 ble的信道和BR/EDR的信道是完全不一样的。但是范围是相同的&#xff0c;差不多也都是2.4Ghz的频道。可以简单理解为空中有40个信道0~39信道。两个设备在相同的信道里面可以进行相互通信。 而这些信道SIG又重新编号&#xff1a; 这个编号就是把37 38 39。 3个信道…

杨中科 配置系统

1、配置系统入门 说明 1、传统Web.config配置的缺点&#xff0c;之前DI讲到过 2、为了兼容&#xff0c;仍然可以使用Web.config和ConfigurationManager类&#xff0c;但不推荐。 3、.NET 中的配置系统支持丰富的配置源&#xff0c;包括文件(json、xml、ini等)、注册表、环境变…

OpenCV/C++:点线面相关计算(二)

接续&#xff0c;继续更新 OpenCV/C:点线面相关计算_线面相交的点 代码计算-CSDN博客文章浏览阅读1.6k次&#xff0c;点赞2次&#xff0c;收藏12次。OpenCV处理点线面的常用操作_线面相交的点 代码计算https://blog.csdn.net/cd_yourheart/article/details/125626239 目录 1、…

Unity_修改天空球

Unity_修改天空球 Unity循序渐进的深入会发现可以改变的其实很多&#xff0c;剖开代码逻辑&#xff0c;可视化的表现对于吸引客户的眼球是很重要的。尤其对于知之甚少的客户&#xff0c;代码一般很难说服客户&#xff0c;然表现确很容易。 非代码色彩通才&#xff0c;持续学习…

STM32F1 引脚重映射功能

STM32 端口引脚重映射 文章目录 STM32 端口引脚重映射前言1、查阅芯片数据手册1.1 串口引脚重映射描述 2、代码部分2.1 核心代码部分 3、实验现象4、总结 前言 在写程序时遇到想要的端口功能&#xff0c;而这个引脚又被其它的功能占用了无法删除掉或直接使用&#xff0c;这种情…

蓝桥杯----凑算式

这个算式中A~I代表1~9的数字,不同的字母代表不同的数字。 比如: 68/3952/714 就是一种解法, 53/1972/486 是另一种解法. 这个算式一共有多少种解法? 注意:你提交应该是个整数,不要填写任何多余的内容或说明性文字。

Leetcode—42. 接雨水【困难】

2024每日刷题&#xff08;112&#xff09; Leetcode—42. 接雨水 空间复杂度为O(n)的算法思想 实现代码 class Solution { public:int trap(vector<int>& height) {int ans 0;int n height.size();vector<int> l(n);vector<int> r(n);for(int i 0; …

javaEE - 24( 20000 字 Servlet 入门 -2 )

一&#xff1a; Servlet API 详解 1.1 HttpServletResponse Servlet 中的 doXXX 方法的目的就是根据请求计算得到相应, 然后把响应的数据设置到HttpServletResponse 对象中. 然后 Tomcat 就会把这个 HttpServletResponse 对象按照 HTTP 协议的格式, 转成一个字符串, 并通过S…

2024数据分析管理、数字经济与教育国际学术会议(ICDAMDEE2024)

会议简介 2024年数据分析管理、数字经济和教育国际学术会议&#xff08;ICDAMDEE 2024&#xff09;将在武汉举行。会议不仅展示了来自世界各地的研究专家围绕数据分析管理、数字经济和教育的最新科研成果&#xff0c;还为来自不同地区的代表们提供了面对面的交流意见和实验经验…

[C++] opencv + qt 创建带滚动条的图像显示窗口代替imshow

在OpenCV中&#xff0c;imshow函数默认情况下是不支持滚动条的。如果想要显示滚动条&#xff0c;可以考虑使用其他库或方法来进行实现。 一种方法是使用Qt库&#xff0c;使用该库可以创建一个带有滚动条的窗口&#xff0c;并在其中显示图像。具体步骤如下&#xff1a; 1&…

ES6扩展运算符——三个点(...)用法详解

目录 1 含义 2 替代数组的 apply 方法 3 扩展运算符的应用 &#xff08; 1 &#xff09;合并数组 &#xff08; 2 &#xff09;与解构赋值结合 &#xff08; 3 &#xff09;函数的返回值 &#xff08; 4 &#xff09;字符串 &#xff08; 5 &#xff09;实现了 Iter…