在计算某些任务时需要根据原胞进行非对称或者根号倍扩胞,使用vaspkit可以构建一个扩胞倍数矩阵,这样可以获得特定方向非整数倍的扩胞结构。
这里使用的命令为vaspkit的400模块
注意400的命令会让你连续输入三行,每行都需要三个数值(可以是0和负数),随后会生成一个TRANSMAT和SUPERCELL.vasp 文件。
SUPERCELL.vasp为所生成的超胞文件。
其中TRANSMAT文件是原始文件和生成超胞的关系矩阵。
所生成的TRANSMAT文件内容为:
这里使用了金刚石结构的C原胞结构作为展示示例
nerated by VASPKIT code
1.000000
0.0000000000000000 1.7809415343727777 1.7809415343727777
1.7809415343727777 0.0000000000000000 1.7809415343727777
1.7809415343727777 1.7809415343727777 0.0000000000000000
C
2
Direct
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 C1
0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 C2
这里我们把TRANSMAT文件更名为TRANSMAT.in
同时更改其内容,写成如下矩阵
Read transformation matrix from the TRANSMAT.in file if it exists.
-1 1 1 # must be three integers
1 -1 1 # must be three integers
1 1 -1 # must be three integers
然后执行vaspkit并输入400
这样VASPKIT会自动读取TRANSMAT.in中存在的矩阵,并生成对应的超胞结构
所得到的超胞即为金刚石构成C的惯用胞
Generated by VASPKIT code
1.000000
3.5618830687455554 0.0000000000000000 0.0000000000000000
0.0000000000000000 3.5618830687455554 0.0000000000000000
0.0000000000000000 0.0000000000000000 3.5618830687455554
C
8
Direct
0.0000000000000000 0.0000000000000000 0.0000000000000000 C001
0.5000000000000000 0.5000000000000000 0.0000000000000000 C002
0.5000000000000000 0.0000000000000000 0.5000000000000000 C003
0.0000000000000000 0.5000000000000000 0.5000000000000000 C004
0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000 C005
0.7500000000000000 0.7500000000000000 0.2500000000000000 C006
0.7500000000000000 0.2500000000000000 0.7500000000000000 C007
0.2500000000000000 0.7500000000000000 0.7500000000000000 C008
可根据具体需要计算并修改扩胞关系矩阵并使用vaspkit进行扩胞生成所需要的结构。