Node selection:

1）选择规则：

“focus atom”是从生成的原子中选出的，如果一个原子没有“capped”，那么它就可以被选为“focus atom”。

一个原子被“capped”是因为它的化合价约束（valency constraint）已经达到，或者它被模型主动标记为“capped”。

• 如果当前“focus atom”有一个子原子，其价电子尚未完整，则模型将选择该原子作为下一个“focus atom”。如果存在多个这样的子节点，则执行排序（rank）并选择排名最高的子节点;
• 如果当前“focus atom”不存在这样的子原子，则执行“回溯（backtracking）”操作以查找具有这样的子焦点的祖先。然后选择那个孩子作为下一个焦点。
• 如果再也没有合适的atom（所有的atom的化合价是完整的）成为“focused atom”，那么整个过程结束。

图示：

2）需要模型预测的部分：

在 “connect” operation, 模型需要选择和哪个atom进行连接，用什么样的bond（本文预测了bond，其实不需要预测bond，因为bond可以从两个原子推断出来）

在 “append” operation, 模型需要知道应该添加多少原子到graph，以及这些atom的类型，3D坐标，连接到  focused atom 的bond类型

当 focused atom 有多个子atom供选择的时候，模型需要输出这些atom的rank

Tree expansion:

“connect”：将“focus atom”与其他的atom进行连接

“append”：在“focus atom”上添加新的atom

【CS 2021】 DeepLigBuilder + Structure-based de novo drug design using 3D deep generative models-SI