我这边以demo.jar和application-dev.properties配置文件为例

一.将Test1.class和Test2.class替换到jar内部
步骤1：解压原始demo.jar

将两个class文件拷贝到jar目录下后cd到文件目录执行：

jar xf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/
jar xf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/
步骤2：替换或添加class文件
copy Test1.class BOOT-INF/classes/com/test/
copy Test2.class BOOT-INF/classes/com/test/

步骤3：重新打包jar
jar uf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/Test1.class
jar uf demo.jar BOOT-INF/classes/com/test/Test2.class

二、优先加载外部的配置文件application-dev.properties，启动jar应用
java -jar -Dspring.config.location=file:C:/application-dev.properties -Dspring.profiles.active=dev demo.jar