有机晶体数据库_Cambridge Structural Database 2017 晶体结构分析软件分享

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/ 利刃君

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剑桥结构数据库系统(The Cambridge Structural Database System,简写为CSDS)是基于X光和中子衍射实验唯一的小分子及金属有机分子晶体的结构数据库,收录了全世界范围内所有已认可的有机及金属有机化合物的晶体结构。

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剑桥结构数据库

剑桥结构数据库(CSD)包含所有已出版的有机和金属有机小分子晶体结构的完整记录。该数据库已经运行了50多年,并且仍然是跨学科共享结构化学数据和知识的主要手段。除了公开支持科学文章的结构外,它还包括许多直接作为CSD Communications发布的结构。

CSD通过Cambridge Structural Database System 平台提供服务,包括功能完整的应用软件,不仅具有数十种查询化合物的方法,还提供了分子结构信息统计方法和三维图像演示方法,以帮助研究人员寻找、观察、分析和总结有关的化合物信息。

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数据库中的每一条信息都包括:

1、三维结构数据:原子坐标、晶胞参数、空间群、结构精密度指标、温度与压力条件、无序分布细节

2、二维结构图:原子和键的性质与关联

3、化学式和化合物名称,多肽化合物的氨基酸序列

4、完整的文献资料,其中部分直接与电子版文献连接

5、交叉引用立体异构体及有关重新解释和确认的详情

6、其它已发表的与该分子有关的信息:化合物来源、结晶条件、结对构型的确定实验、多晶型现象(同质多像)及生物活性。

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在进入数据库之前,所有结构都需要通过计算和专家结构化学编辑器进行处理。该过程的关键部分是所研究结构的化学特性与实验数据的可靠关联。这一重要步骤有助于确保数据可广泛发现并易于重用。该数据库不断收录最新发表的数据信息,并以年9%的增长率不断更新。

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通过选择性地包含其他实验数据,可以进一步丰富内容。任何人都可以通过免费的CSD社区Web服务获得条目。由CCDC开发和维护的链接服务与标准标识符的使用相结合,有助于从其他资源中进行发现。还可以通过CCDC和第三方软件应用程序以及应用程序编程接口来访问数据。

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CSDS 软件分为基本软件系统和图形软件系统。它不仅具有数十种查询化合物的方法,还提供了分子结构信息统计方法和三维图像演示方法,以帮助研究人员寻找、观察、分析和总结有关的化合物信息。

基本软件系统和功能

QUSET 一维和二维信息查询;

GSTAT多功能三维搜索和几何计算;

PLUTO 把分子晶体结构及它的环境以三维方式显示出来。

图形软件系统和功能

QUEST3D 交互式的一维、二维和三维信息查询程序;

PREQUEST 帮助检查结构及创建用户自己的用于QUEST查询的数据库;

VISTA 对得到的数据进行统计分析。

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以上是CambridgeStructural Database晶体结构数据库及软件的的一个简单介绍,更多详细内容可查看以下文献了解:

Groom C R, Bruno I J,Lightfoot M P, et al. The Cambridge structural database[J]. ActaCrystallographica Section B: Structural Science, Crystal Engineering andMaterials, 2016, 72(2): 171-179.

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CCDC是一个非盈利的科研组织,它的大部分经费来源于各种资助,由出租CSDS收回的资金仅占全部费用的一小部分。它出租的对象分为非盈利的科研组织和盈利的商业组织。对这两种组织收取的租费是不一样的。CCDC要求非盈利的科研组织在使用CSDS时不能有任何形式的商业行为。

CCDC要求所有使用CSD的研究人员在发表文章时必须引用文献:

3D Search and Research Using the CambridgeStructural Database, Allen, F.H. and Kennard, O. Chemical Design AutomationNews, 8 (1), pp 1 & 31-37, 1993.


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