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#part1:defile your job（第一部分，定义单核任务，需要根据你的实用任务改动）

date >>time

Nproc=40 #prcocess used here （要用的线程数）

ls *ligand.mol2 >list #list of jobs （所有的任务放到一个list里面）

Njob=$(echo $(cat list|wc -l)+1|bc) #total jobs+1 （统计总任务数目）

function jobrun #define your job （定义一个函数任务）

{

j=$(cat list|sed -n "$1"p|cut -c 1-4) #$1 is a parameter for jobid ($1作为函数输入 即任务号 这里首先要找到任务号对应的分子)

prepare_dpf42.py -l $j"_ligand.pdbqt" -r $j"_receptor.pdbqt" -o tmp2 #（为了简单期间这里没有写如何计算格子 如何计算格点文件 这里是从准备dpf文件开始）

autodock4 -p $j.dpf -l $j.dlg #（对接）

}

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#part2:mutiple process framwork （第二部分，多线程框架，可以不用懂不用改动）

PID=() #PID is an array to store the pid of your job (PID 用于储存每个线程的pid)

for ((i=1;i

do

for ((Ijob=0; Ijob

do

if [[ $i -ge $Njob ]]; #（如果任务都完成了就退出循环）

then

break;

fi

if [[ ! "${PID[Ijob]}" ]] || ! kill -0 ${PID[Ijob]} 2> /dev/null; then #（如果线程没有被占用）

echo start $i with $Ijob

jobrun $i $Ijob& #（用Ijob线程执行任务i）

PID[Ijob]=$! #（任务完成 释放线程Ijob）

i=$((i+1))

fi

done

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wait #（等所有线程都空闲下来）

done

echo job finished!

date >>time