开源开放 | OMAHA 联合 OpenKG 发布新冠诊疗图谱数据

本文转载在公众号：OMAHA联盟。

今年新型冠状病毒肺炎爆发期间，大数据、云计算、人工智能等新一代信息技术支撑着我国建立和健全疫情防控机制。知识图谱作为机器认知智能实现的基础之一，是人工智能的重要组成部分，在“抗疫”行动中赋能政府管理、公众健康、交通运输、公共安全等多个领域，为疫情防控助力。

目前，虽然我国疫情传播已基本阻断，但境外疫情警报持续拉响，“外防输入，内防反弹”仍是我国防疫策略的重点。国务院联防联控机制科研攻关组专家组组长钟南山院士在9月18日疫情防控策略视频中提到，今年冬天或明年春天疫情应该还会继续存在，同时很可能发生局部地区的爆发。为了助力防控新型冠状病毒肺炎，2020年11月，OMAHA联盟联合OpenKG发布“新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱，该知识图谱由OMAHA联盟与浙江树人学院树兰国际医学院附属树兰杭州医院、浙江大学传染病诊治国家重点实验室、中国科学院大学宁波华美医院的临床专家协作构建，受国家科技重大专项（2017ZX10204401）和浙江省自然科学基金应急重大项目（编号：LED20H260001）资助。

“新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱采用CC-by SA协议，向行业开放共享。

数据来源

基于国家卫生健康委发布的《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第八版）》和《新型冠状病毒肺炎重型、危重型病例诊疗方案（试行第二版）》，构建了“新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱的Schema，并依照Schema从文献中抽取三元组知识。

图1 “新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱Schema

构建方法

通过自然语言处理与文本挖掘技术，采用机器与人工相结合的方式进行构建，最终所有数据都由专业人员进行了审核，确保内容的正确性。

数据标准化与概念化

实体通过与“七巧板”医学术语集中的概念进行映射的方式来实现概念化和标准化。

实体数量

“新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱包含700个实体，实体语义类型的统计见图2。

图2 “新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱实体语义类型统计

关系数量

“新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱包含3032条关系，部分关系类型的统计见图3。

图3 “新型冠状病毒肺炎”诊疗知识图谱部分关系类型统计

资源下载

用户可以登录HiTA知识图谱服务平台（hita.omaha.org.cn）下载数据包。下载地址：https://hita.omaha.org.cn/knowledge/kgDownload?num=502

特别鸣谢

汤灵玲（浙江树人学院树兰国际医学院附属树兰杭州医院）

彭薇（浙江树人学院树兰国际医学院附属树兰杭州医院）

顾钰丹（浙江树人学院树兰国际医学院附属树兰杭州医院）

龚忆雯（浙江大学传染病诊治国家重点实验室）

张佳颖（浙江大学传染病诊治国家重点实验室）

王晶霞（浙江大学传染病诊治国家重点实验室）

金鹏锋（中国科学院大学宁波华美医院）

“汇知”医学知识图谱

“汇知”医学知识图谱是OMAHA联盟发布的医学知识图谱资源的总称，主要切入疾病、手术操作、检验检查、药品的知识，在每个季度第二个月20号定期发布。截止2020年11月，“汇知”已发布“药品适应证”、“临床路径”、“疾病科室”、“心血管专科疾病”、“新型冠状病毒肺炎”领域的知识图谱，共包含8.5万实体、63.0万关系，其中5.4万实体与“七巧板”医学术语集建立了映射，使图谱实体概念化，而非简单的文本堆砌。

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数字医学知识中心负责人徐美兰：meilan.xu@omaha.org.cn

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