Linux只是一个操作系统内核而已，而GNU提供了大量的自由软件来丰富在其之上各种应用程序。
因此，严格来讲，Linux这个词本身只表示Linux内核，但在实际上人们已经习惯了用Linux来形容整个基于Linux内核，并且使用GNU 工程各种工具和数据库的操作系统。基于这些组件的Linux软件被称为Linux发行版。一般来讲，一个Linux发行套件包含大量的软件，比如软件开发工具，数据库，Web服务器（例如Apache)，X Window，桌面环境（比如GNOME和KDE），办公套件（比如OpenOffice.org），等等。
绝大多数基于Linux内核的操作系统使用了大量的GNU软件，包括了一个shell程序、工具、程序库、编译器及工具，还有许多其他程序，例如Emacs。正是由于Linux使用了许多GNU程序，GNU计划的开创者Richard Stallman博士提议将Linux操作系统改名为GNU/Linux。但有些人只把操作系统叫做"Linux"。
有部分Linux套件，包括了Debian，采用了“GNU/Linux”的称呼。但大多数商业Linux套件依然将操作系统称为Linux。有些人也认为“操作系统”一词指的应该只是系统的内核，其他程序都只能算是应用软件，这么一来，该操作系统的内核应叫Linux，而Linux套件是在Linux内核的基础上加入各种GNU工具。