热图（heatmap）用不同的颜色和颜色的深浅来直观的展示数据之间的差异。在测序类的文章里，几乎必有一幅热图用来展示差异表达基因。很多工具都可以完成热图的制作，今天这篇文章主要介绍利用R语言的 pheatmap包制作热图的简单小例子。pheatmap是R语言中专门用来制作热图的工具包。首先我们需要安装R和Rstudio。接下来就是安装pheatmap包了。

install.packages("pheatmap")
library(pheatmap)

使用pheatmap进行热图绘制

准备数据，最简单粗暴的方式，从Excel中复制，

现在Rstudio中复制这一段代码

Exp<-read.delim(file="clipboard",header=T,row.names=1,sep="t")

随后，复制excel里的表达矩阵

此时，这个基因表达矩阵已经存放在电脑的剪切板中，回到Rstudio，

此时你只需要第三行代码，就可以输出一张可以看的热图

pheatmap(Exp)

我们需要对基因进行标准化

pheatmap(Exp,scale="row")

取消对列的聚类

pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F)

还可以改变配色方案

pheatmap(Exp,scale="row",cluster_cols=F,color= colorRampPalette (c("green", "white", "red"))(50))

这样一张热图就画出来啦，是不是很简单？不会的可以开始动起手来试一试了。

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