Code interpreter生成无聊的APP:病理图像切割和提取

一、写在前面

机器学习100步不够分配了,所以开个新专栏,就叫做《Code interpreter生成无聊的APP》,旨在探索GPT-4官方插件Code interpreter的使用心路历程。

主要灵感来源:听户主说,她们在做病理组学图像标注和分割的时候,还得手动对标注区域进行提取和分割,费时费力废眼睛,严重不符合AI时代(躺平摸鱼)的生产方式。因此,我想能不能用Code interpreter帮我弄一个APP,一键搞定?

所以,干脆开一个专栏,记录我干这种无聊事情的前因后果。

二、任务和APP

(1)任务

先说说要干啥,有一张使用超高清扫描出来的病理图片,也就821M。

这种图片,PS也打不开。双击打开,电脑也要卡死。

只能在一个叫做“ImageScope x64”的软件打开和标注。那么,任务就是需要在这图片上圈出病变区域,比如病变区域1以及病变区域2

这个软件就会生成图层一图层二,其中图层一包含2个区域(红色多边形)图层二包含2个区域(黑色多边形)。该软件会保存为下面两个软件:

TIFF就是原始图片,后面这个叫做XML注释文件,保存着我们所做的注释信息。

最终,要做的也简单,把以上四张图切割出来,用于后续建模啥的。

手工操作的后果,苦不堪言吧。

(2)APP

因此,弄了一个丑萌丑萌的APP:

操作也简单粗暴:分别填入TIF文件、XML文件和选择结果输出的文件夹,点击提取。

这个过程耗时取决于你的CPU和内存,比如我的内存只有16g,花了18分钟,结果如下:

 

 

 

哈哈,不要在意命名是反的。

重要的是分割出来了,而且每一个图片也是几百M的大小。

三、制作花絮

全程基于Code interpreter开发,晒出咒语和对线过程:

四、APP安装和运行

(1)安装依赖库

上述脚本使用了以下Python库:

os:Python标准库,无需额外安装。

numpy:用于数值计算和数组操作。

xml.etree.ElementTree:Python标准库,用于XML解析,无需额外安装。

PIL(从 Pillow 包导入):用于图像操作。

skimage.draw:来自 scikit-image 包,用于绘制多边形。

所以,需要安装的依赖库有:

numpy

Pillow

scikit-image

其中,numpy在安装Anaconda环境的时候自动配有的,因此难点在于Pillow和scikit-image,介绍下手动安装:

(a)下载依赖安装包

Pillow的下载地址:Pillow · PyPI

比如我的是,Python3.8,系统是Win10 64位,就选择:

Pillow-10.0.0-cp38-cp38-win_amd64.whl (2.5 MB view hashes)

同样,

scikit-image的下载地址:scikit-image · PyPI

Python3.8,系统是Win10 64位,就选择:

scikit_image-0.21.0-cp38-cp38-win_amd64.whl (22.7 MB view hashes)

上述两个文件记得存在哪里啊,要移动的。

(b)安装

打开Anaconda Powershell Prompt,弹出黑框:

 切换环境,比如我的是tf2.6:

conda activate tf2.6

看到目前的工作路径了没:

C:\Users\Administrator>

把之前下载的

Pillow-10.0.0-cp38-cp38-win_amd64.whl 以及

scikit_image-0.21.0-cp38-cp38-win_amd64.whl

复制到C:\Users\Administrator中。

输入代码安装:

pip install Pillow-10.0.0-cp38-cp38-win_amd64.whl
pip install scikit_image-0.21.0-cp38-cp38-win_amd64.whl

回车,一般都能安装成功。要是翻车了,自行百度哈。

(2)运行脚本

把脚本丢到C:\Users\Administrator中:

 打开Anaconda Powershell Prompt,弹出黑框,切换到tf2.6环境,输入:

Python JET-TIF-EXTRACT-2.py

回车,弹出APP界面。

五、码源

见微信公众号

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/40606.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

如何用Apipost实现sign签名?

我们平常对外的接口都会用到sign签名,对不同的用户提供不同的apikey ,这样可以提高接口请求的安全性,避免被人抓包后乱请求。 如何用Apipost实现sign签名? 可以在Apipost中通过预执行脚本调用内置的JS库去实现预执行脚本是在发送请求之前自…

Wordcloud | 风中有朵雨做的‘词云‘哦!~

1写在前面 今天可算把key搞好了,不得不说🏥里手握生杀大权的人,都在自己的能力范围内尽可能的难为你。😂 我等小大夫也是很无奈,毕竟奔波霸、霸波奔是要去抓唐僧的。 🤐 好吧,今天是词云&#x…

【C++精华铺】8.C++模板初阶

目录 1. 泛型编程 2. 函数模板 2.1 函数模板的概念及格式 2.2 函数模板的原理 2.3 模板的实例化 2.4 模板参数的匹配原则 3. 类模板 3.1 类模板格式 3.2 类模板的实例化 1. 泛型编程 什么是泛型编程?泛型编程是避免使用某种具体类型而去使用某种通用类型来进行…

带你了解—使用内网穿透,公网远程访问本地硬盘文件

文章目录 前言1. 下载cpolar和Everything软件3. 设定http服务器端口4. 进入cpolar的设置5. 生成公网连到本地内网穿透数据隧道 总结 前言 随着云概念的流行,不少企业采用云存储技术来保存办公文件,同时,很多个人用户也感受到云存储带来的便利…

学习ts(四)联合类型、交叉类型、类型断言

联合类型 使用联合类型定义属性和方法,只要符合其中一种即可 let myPhone: string | number 010-7788 // let myPhone1: string | number true 因为没有包含boolean值 会报错const fn (something: number | boolean): boolean > {return !!something }con…

【CSS动画01--登录】

CSS动画01--登录 介绍代码HTMLCSSJS 介绍 当鼠标不同方向的划过时展示不同效果的登录&#xff0c;以上是一个简单的图片展示 代码 HTML <!DOCTYPE html> <html> <head><meta http-equiv"content-type" content"text/html; charsetutf-8&…

生物笔记——暑期学习笔记(四)

生物笔记——暑期学习笔记&#xff08;四&#xff09; 文章目录 前言一、R篇1. unname()2. duplicated()3. 数据提取4. 分组 二、生信篇1. 文本处理常用命令2. 命令输出1. 重定向2. 多命令执行 3. 文本工具4. 本地hmm鉴定1. hmmer软件安装2. 文件准备3. 基于hmm的鉴定 总结 前言…

【制作npm包5】npm包制作完整教程,我的第一个npm包

制作npm包目录 本文是系列文章&#xff0c; 作者一个橙子pro&#xff0c;本系列文章大纲如下。转载或者商业修改必须注明文章出处 一、申请npm账号、个人包和组织包区别 二、了解 package.json 相关配置 三、 了解 tsconfig.json 相关配置 四、 api-extractor 学习 五、npm包…

MySQL的配置文件my.cnf与my.ini

一、my.cnf与my.ini win系统&#xff0c;MySQL配置文件为my.ini 其他系统&#xff08;Ubuntu、CentOS、macOS)MySQL配置文件为my.cnf 二、my.cnf与my.ini的路径 2.1 默认路径 MySQL 的配置文件 my.cnf 可能位于多个位置&#xff0c;具体取决于安装方式和操作系统。以下是一…

2023年国赛数学建模思路 - 案例:最短时间生产计划安排

文章目录 0 赛题思路1 模型描述2 实例2.1 问题描述2.2 数学模型2.2.1 模型流程2.2.2 符号约定2.2.3 求解模型 2.3 相关代码2.4 模型求解结果 建模资料 0 赛题思路 &#xff08;赛题出来以后第一时间在CSDN分享&#xff09; https://blog.csdn.net/dc_sinor?typeblog 最短时…

Kotlin开发笔记:使用委托进行拓展

Kotlin开发笔记&#xff1a;使用委托进行拓展 导言 在OO语言(面向对象)中&#xff0c;我们经常会用到委托或者代理的思想。委托和代理在乍一看很相似&#xff0c;其实其各有各的侧重点&#xff0c;这里我引用ChatGpt的回答&#xff1a; 委托&#xff08;Delegation&#xff09…

在C中使用Socket实现多线程异步TCP消息发送

目录 基础知识开始实现主要函数说明结束语 在本篇文章中&#xff0c;我们会探讨如何在C语言中使用socket来实现多线程&#xff0c;异步发送TCP消息的系统。虽然C标准库并没有原生支持异步和多线程编程&#xff0c;但是我们可以结合使用POSIX线程&#xff08;pthread&#xff09…

Java解决四大查找(一)

Java解决四大查找 一.线性查找1.1 题目1.2 思路分析1.3 代码演示 二.二分查找(双指针法)2.1 题目2.2 思路分析(图解加文字)2.3 代码演示 一.线性查找 1.1 题目 在数组{1&#xff0c;8&#xff0c;1024&#xff0c;521&#xff0c;1889}中查找数字8&#xff0c;如果有&#xff…

地址解析协议-ARP

ARP协议 无论网络层使用何种协议&#xff0c;在实际网络的链路上传输数据帧时&#xff0c;最终必须使用硬件地址 地址解析协议&#xff08;Address Resolution Protocol&#xff0c;ARP&#xff09;&#xff1a;完成IP地址到MAC地址的映射&#xff0c;每个主机都有一个ARP高速缓…

【数据结构】二叉树篇| 纲领思路02+刷题

博主简介&#xff1a;努力学习的22级计算机科学与技术本科生一枚&#x1f338;博主主页&#xff1a; 是瑶瑶子啦每日一言&#x1f33c;: 所谓自由&#xff0c;不是随心所欲&#xff0c;而是自我主宰。——康德 目录 一、前言二、刷题1、翻转二叉树 2、二叉树的层序遍历✨3、 二…

线性代数再回顾

最近&#xff0c;在深度学习线性代数&#xff0c;之前大一的时候学过线性代数&#xff0c;但那纯属于是应试用的&#xff0c;考试一考完&#xff0c;啥都忘了&#xff0c;也说出不出个所以然&#xff0c;所以&#xff0c;在B站的MIT的线性代数以及3blue1brown线性代数的本质中去…

git命令使用

君子拙于不知己,而信于知己。——司马迁 清屏&#xff1a;clear 查看当前面板的路径&#xff1a;pwd 查看当前面板的文件&#xff1a;ls 创建文件夹&#xff1a;mkdir 文件夹名 创建文件&#xff1a;touch 文件名 删除文件夹&#xff1a;rm -rf 文件夹名 删除文件&#xff1a;r…

Remote Sensing,2023 | 基于SBL的分布式毫米波相干雷达成像的高效实现

Remote Sensing,2023 | 基于SBL的分布式毫米波相干雷达成像的高效实现 注1&#xff1a;本文系“无线感知论文速递”系列之一&#xff0c;致力于简洁清晰完整地介绍、解读无线感知领域最新的顶会/顶刊论文(包括但不限于 Nature/Science及其子刊; MobiCom, Sigcom, MobiSys, NSDI…

爬虫IP时效问题:优化爬虫IP使用效果实用技巧

目录 1. 使用稳定的代理IP服务提供商&#xff1a; 2. 定期检测代理IP的可用性&#xff1a; 3. 配置合理的代理IP切换策略&#xff1a; 4. 使用代理IP池&#xff1a; 5. 考虑代理IP的地理位置和速度&#xff1a; 6. 设置合理的请求间隔和并发量&#xff1a; 总结 在爬虫过…

python知识:什么是字符编码?

前言 嗨喽&#xff0c;大家好呀~这里是爱看美女的茜茜呐 我们的MySQL使用latin1的默认字符集&#xff0c; 也就是说&#xff0c;对汉字字段直接使用GBK内码的编码进行存储&#xff0c; 当需要对一些有汉字的字段进行拼音排序时&#xff08;特别涉及到类似于名字这样的字段时…