IGV.js 的完全本地化运行探索

问题及解决方法

  1. IGV.js 完全本地化是为了合规,不使用外网的情况下查看基因组。
  2. 不联网需要下载 genomes.json 文件及其中的内容之外,还需要修改 igv.js本身,防止5s超时后才显示网页内容。修改的关键词是: genomes.json,改为本地的。
  3. 这时搜索功能障碍,可以搜索定位 chr1:12345 这样的位点,不能搜索EGFR 这样的基因字符串。还是要修改js文件,具体方法见下文。

版本号: igv.version() #'2.15.10'


怎么本地支持搜索?

1. 需要修改的地方

(1) 线索1a:该函数的返回值是什么类型的?

function searchWebService(browser, locus, searchConfig){ //57722//const result = await igvxhr.loadString(path, options);//
}

(2) 线索1b: 先看参数类型

igvxhr.loadString(path, options); // line 57728
debug wjl: 1 EGFR https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFR {timeout: 5000}
参数cocus: EGFRpath: https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFRoptions: {timeout: 5000}

(3) 线索1c: 返回值
不确定,只能根据代码推测

	return this._loadStringFromUrl(path, options)async _loadStringFromUrl(url, options) {options = options || {};options.responseType = "arraybuffer";const data = await this.load(url, options);return arrayBufferToString(data)}this.load(url, options); 中引用的是return this._loadURL(url, options) //18672xhr.send(sendData); //18825

(4) 线索1d: ajax 的请求链接

url: 'https://igv.org/genomes/locus.php?genome=$GENOME$&name=$FEATURE$', //57547
https://igv.org/genomes/locus.php?genome=hg38&name=EGFR 

2. 从下文代码找线索,需要什么数据?

(1) 线索2a: 下一行怎么使用该数据?

	const locusObject = processSearchResult(browser, result, searchConfig);找到最相关的 const locusObject = {chr, start, end}; //57796const result = //手动设置,确认格式 //57731

这里很关键

(2) 线索2b: 该函数调用 parseSearchResults

function processSearchResult(browser, result, searchConfig) { //57750
if ('plain' === searchConfig.type) {console.log("debug wjl: 4", result, searchConfig ) // ===>>>>debug 11223344results = parseSearchResults(browser, result); 
}

(3) 线索2c: 这是最终格式

     * Parse the igv line-oriented (non json) search results.* Example*    EGFR    chr7:55,086,724-55,275,031    refseqfunction parseSearchResults(browser, data) { //57827}

(4) 这个格式怎么修改? 就是 refseq的第13,3,5和第6列。

$ zcat ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk '{print $13"\t"$3":"$5"-"$6"\trefseq"}' | grep "EGFR" | head -n1
EGFR    chr7:55019016-55156939  refseq

(5) 回退到上一步

57843行 line="EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq"
57731 const result = "EGFR\tchr7:55019016-55156939\trefseq"
57547 url: 'https://igv.org/genomes/locus.php?genome=$GENOME$&name=$FEATURE$',

(6) 设置一个支持cors的、返回字符串的服务器,返回值是

zcat /home/wangjl/soft/scIGV/ref/hg38/ncbiRefSeq.txt.gz | awk '{print $13"\t"$3":"$5"-"$6"\trefseq"}' | grep "CCND1" | head -n 1

其他关键技术点:

  • flask 在后台执行 linux 命令
  • flask返回支持cors的字符串
  • 支持cors和range的bam大文件服务器

幸运的是,这些之前都解决过。

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