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RNA结合蛋白是(RNA binding protein,RBP)细胞中一类可以识别特殊的RNA结合域与RNA互作,并参与RNA剪切、转运、序列编辑、胞内定位及翻译控制等多种转录后的调控过程中。
既然RBP功能这么重要,那么有什么办法研究RBP与RNA相互作用呢?还是StarBase这个神器(http://starbase.sysu.edu.cn )
这个神器可以研究RBP与多种RNA的相互作用,包括mRNA、lncRNA、pseudogene、sncRNA、circRNA。点击选择你感兴趣的项目,即可进入数据展示和筛选界面。

工具左边的栏目的选项和之前文章介绍(往期文章见文章底部)大同小异,主要设置RNA结合蛋白RBP和Target Gene,其他的设置主要是设置筛选的范围和证据的严格度。

右边的显示栏解释如下图,用户可以在上图里选择靶基因,也可以在下面的“Search”

“HepG2 (log2FC)”和“K562 (log2FC)”为在这两种细胞里,敲降RBP时gene的表达变化。点击“Pan-Cancer”下的数字后,网页会跳转到显示在TCGA中的结果。
点击“ClusterNum”,跳出结果显示框解释如下:

点击“ClipExpNum”

点击“Accesion”可查看证据数据在GEO的数据来源,也可以根据“Reference”查看证据的原始文献。
RBP与Target的相互作用部分的操作,只有RBP-CircRNA的结果显示不一样,结果界面相对少一点,其余部分都是一致的。

祝大家能有满意的实验结果!

—END—
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