DAVID(https://david.ncifcrf.gov/home.jsp)是一个生物信息数据库,整合了生物学数据和分析工具,为大规模的基因或蛋白列表(成百上千个基因ID或者蛋白ID列表)提供系统综合的生物功能注释信息,帮助用户从中提取生物学信息。
DAVID目前的工具可以实现以下功能
1.识别富集的生物条目,尤其是GO条目
2.发现功能相关的基因集合
3.聚类冗余的注释条目
4.寻找其他功能相关的但是不在列表中的基因
5.列出互作的蛋白质
此外,DAVID还可以进行基因ID的转换
DAVID最常用的功能就是进行基因功能富集分析。富集分析的作用是可以帮助生物学家们了解基因集合的生物学作用。
它的使用方法简单:
STEP1 用户将感兴趣的基因集合粘贴到列表框中或者上传基因结合文件,文件的格式为每行一个基因,或基因间用逗号隔开。
STEP2 选择标识符,从下拉列表中选择上传的基因的标示符,如gene_symbol
STEP3 选择上传基因的类型,是背景基因结合还是要做功能富集的基因结合
STEP4 提交列表,submit list
提交列表后,根据上传基因选择物种,然后点击select species.就得到要分析的结果了。
比如我们想要查看GO的BP条目富集结果,点开后新的页面如下:
点download file可进行下载。
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