R并行计算

1-lapply()函数介绍：

为什么介绍这个函数呢？因为在windows中使用parLapply()函数和lapply()的结构和用法是非常相似的，我们只需要将原本用lapply(x, fun)迭代函数直接改写成 parLapply(makeCluster(c1), x, fun)即可，这里的直接改写是非常简单的，只需要设置使用计算机的核数，后面的参数直接挪到parLapply()中。

lapply() ：线性数据迭代

lapply是list(列表)和apply(应用)的组合，函数的作用：对一个列表型或者向量型数据应用一个函数，返回值不区分处理对象，皆是列表结构。这个函数开头的第一个字母“l”表明这个函数的返回类型为列表。

返回值的元素个数与处理对象中的元素个数相同。

该函数的语法结构为：

lapply(X, FUN...)

其中

X代表需要执行运算的列表或者向量；
FUN代表需要运行的函数，这个参数的自定义范围非常广，用户可以将几百行代码封装为要给function(函数)来设置该参数；
三个点表示FUN中的相应参数设置。

例子1：

使用均值函数mean来分别计算向量x、y和z的平均值，最后结果会以列表的形式现实在console中。

> x <- 1:10
> y <- 1:10
> z <- 1:10
> lapply(list(x,y,z), mean)
[[1]]
[1] 5.5[[2]]
[1] 5.5[[3]]
[1] 5.5

例子2：

> x <- c(1:10, NA)
> y <- c(1:10, NA)
> z <- c(1:10, NA)
> lapply(list(x,y,z), function(x) {mean(x, na.rm =T)})
[[1]]
[1] 5.5[[2]]
[1] 5.5[[3]]
[1] 5.5

例子3：

lapply函数等价于for循环，循环4次，每次花费时间5秒钟。总共预期花费时间为20秒=4*5秒

> for(i in 1:4){Sys.sleep(5)}
> lapply(1:4, function(i) Sys.sleep(5))
[[1]]
NULL[[2]]
NULL[[3]]
NULL

2-在Windows使用并行计算，使用parLapply()函数

2.1-并行计算的准备阶段：

只要开始执行并行，需要设置使用计算机的核数，以及关闭执行并行。

流程：设置并行计算的核数-->执行并行计算-->关闭并行计算的集群。

无论使使用哪种并行计算包，都是基于上述三个步骤，1-设置并行计算的核数；2 执行并行计算 3 关闭并行计算的集群。

library(parallel)

#Step1 设置并行计算使用的核数

num_cores <- detectCores(logical=FALSE) #返回的是计算机的物理核数
cl <- makeCluster(num_cores)# 设置并行计算的核心数，这里num_cores是整数，合理即可

# Step2: 执行并行计算的任务
result <- parLapply(cl, x, fun)

# Step3: 关闭并行计算的集群
stopCluster(cl)

其中：detectCores()#这个函数中参数logical默认取值为TRUE，该函数返回的是计算机的线程数，如果设置logical=FALSE,返回的是物理核数/CPU。

例如计算机是12核24线程，

logical=TRUE，返回的是逻辑核数24线程；
logical=FALSE，返回的是物理核数12核。

2.2-parLapply()函数介绍

在Windows 系统中使用parLapply()函数替换lapply函数，进行并行计算，只不过多了一个参数即设置集群makeCluster()。

也就是说，parLapply( )和lapply( )函数是相似的，在执行并行运算的时候，只需要把之前用lapply()函数写的部分

lappy(x, fun)

改写成

parLapply(makeCluster(4), x, fun)

其中makeCluster(4) 设置并行计算的核数为4.

2.3-使用parLapply()函数编写执行并行计算

对上面的例子3，在windows系统中使用parLapply()函数执行并行计算：

> system.time(for(i in 1:4){Sys.sleep(5)})用户  系统  流逝 0.00  0.00 20.02> system.time(lapply(1:4,function(i)Sys.sleep(5)))用户  系统  流逝 0.02  0.00 20.02system.time(parLapply(makeCluster(4),1:4, function(i) Sys.sleep(5)))
用户 系统 流逝 
0.04 0.01 5.97