数字病理图像分析的开源软件qupath学习 ①

介绍:QuPath是一种新的生物图像分析软件,旨在满足对用户友好、可扩展、开源解决方案日益增长的需求,用于数字病理学和全玻片图像分析。除了提供全面的肿瘤识别和高通量生物标志物评估工具外,QuPath 还为研究人员提供了强大的批处理和脚本功能,以及一个可扩展的平台,用于开发和共享分析复杂组织图像的新算法。此外,QuPath的灵活设计使其适用于生物医学研究中的各种其他图像分析应用。

使用:它提供了第一个全面的开源桌面软件应用程序,专门用于分析和探索整个玻片成像数据。其核心是一个跨平台、多线程、基于图块的全幻灯片图像查看器,其中包含广泛的注释和可视化工具。最重要的是,QuPath提供了一系列新颖的算法,不仅为病理学中常见的、具有挑战性的分析问题提供现成的、用户友好的解决方案,而且还提供了创建自定义工作流程的构建块,并将它们链接在一起,通过强大的脚本功能进行批处理。


文献示例过程:

TMA:从每个病例的肿瘤中心取三个代表性区域进行注释,单个代表性肿瘤块中切割一个新的切片进行H&E染色,注释为组织微阵列( tissue microarray TMA)。用从供体块中手动穿刺提取直径为1毫米的组织核心(应该是作为TMA)。

免疫组化:CD3 、CD8、p53 和 PD-L1。

扫片:所有 TMA 载玻片均使用 Aperio ScanScope CS 全玻片扫描仪以 40 倍放大倍率扫描,分辨率为 0.25 μm/像素。H&E玻片扫描:231个在Aperio ScanScope扫描仪上扫描,81个在滨松纳米变焦器上扫描,分辨率都在0.231-0.253 μm/像素范围内。

QuPath分析数据:通过使用颜色反卷积分离染色剂并识别平滑后苏木精通道 (CD3) 或苏木精和 DAB 通道总和 (CD8) 中的峰来鉴定单个细胞,并根据平滑的 DAB 通道信息将这些细胞分配为阳性或阴性细胞。使用检测到的阳性细胞数和面积来计算每平方毫米的平均阳性细胞数。设置强度阈值以根据平均核 DAB 光密度进一步将肿瘤细胞细分为 p53 染色的阴性、弱、中度或强阳性。通过添加 3x% 强染色的肿瘤细胞核、2x% 中度染色的肿瘤细胞核和 1x% 弱染色的肿瘤细胞核来计算每个组织核心的 H 评分,给出的结果范围为 0(所有肿瘤核阴性)到 300(所有肿瘤核强阳性)。基质识别:H&E全切片肿瘤间质百分比分析。先用 QuPath 的手动注释工具在所有 312 张 H&E 染色载玻片上注释了具有代表性的肿瘤区域。然后批量应用脚本,自动识别和设置每个图像的红色、绿色和蓝色通道的平均背景强度。然后病理学家用40张切片交互式训练随机树分类器来区分肿瘤上皮、基质和“其他”(空白、粘液、正常肌肉或坏死等)。然后计算肿瘤基质百分比 (TSP) :TSP = AS/(AE + AS) × 100 %

AS 表示归类为基质的总面积,AE 表示归类为上皮的总面积。

解释:(a-d)对 CD3、CD8、p53 和 PD-L1 染色的 TMA 生物标志物评分进行 Kaplan Meier 生存分析。(e) Kaplan Meier 曲线显示基于中位肿瘤基质百分比的患者分层。代表性图像分别显示了高基质百分比和低基质百分比的肿瘤的原始图像和标记。绿色表示被归类为基质的区域,深红色表示肿瘤上皮,而黄色表示其他分类的组织或空白。


作为深度学习神经网络的训练工具

QuPath为高级人工智能的训练、提供和应用提供了一个框架,超越了内置的机器学习方法。该框架可以包括任何内容,从通过病理学家注释或补丁提取来训练更高级的深度学习神经网络,到最终在QuPath之外获取的数据上训练的深度学习模型的可视化。

参考:

1:QuPath: Open source software for digital pathology image analysis - PMC (nih.gov)

2:QuPath: The global impact of an open source digital pathology system

3:qupath/qupath: QuPath - Bioimage analysis & digital pathology (github.com)

4:Projects — QuPath 0.5.0 documentation

5:【笔记】QuPath用于免疫组化定量评估 - 知乎 (zhihu.com)

6:实验动物病理学切片开源处理软件QuPath官方免疫组化教程Qupath IHC_哔哩哔哩_bilibili

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/229251.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

写递归函数的一些思考

当编写递归函数时,有几个关键的思考点可以帮助你设计和实现递归算法: 定义递归的基本情况:确定递归函数应该在何时终止,即递归的基本情况。这是一个递归的出口条件,确保递归不会无限进行下去。基本情况应该是可以直接求…

FL Studio 21.1.0.3713中文版最新安装激活图文教程及系统配置要求

FL Studio 21.1.0.3713中文版是一款功能强大的编曲软件,它也能够剪辑、混音、录音,它的矢量界面,能更好用在4K、5K甚至8K显示器上。完全重新设计混音器、动态缩放、具有 6 种布局风格、外加 3个用户自定义面板管理音轨、多推子选择和调整、混…

正大杯获奖作品在哪可以看见

通过网盘分享的文件:2023年第十三届正大杯最新国家一等奖完整获奖作品报告等全套资料 链接:https://pan.baidu.com/s/1SPA4LumSCI4BZdCRXXnW6Q?pwdc8bj 提取码:c8bj 2023年第十三届最新正大杯国家一等奖完整获奖作品等全套资料获取方式链接https://ex59573j43x.fe…

root登录提示:Access denied

一、问题: 在使用xshell工具用root账号登录服务器时提示Access denied,拒绝访问,SSH服务器拒绝了密码,但用其它用户又可以连接. 二、原因 是因为sshd的设置不允许root用户用密码远程登录的问题 三、解决办法 使用可以登录的账…

【C++11特性篇】C++11中の【override】【final】关键字——帮助用户检测是否重写

前言 大家好吖,欢迎来到 YY 滴C系列 ,热烈欢迎! 本章主要内容面向接触过C的老铁 主要内容含: 欢迎订阅 YY滴C专栏!更多干货持续更新!以下是传送门! 目录 一.【override】【final】关键字——帮…

实战经验:如何利用房产小程序提升客户满意度?

在当今的数字化时代,房产中介公司需要不断地适应市场变化,提供更加便捷、高效的服务。小程序作为一种轻量级的应用程序,具有无需下载、易于分享、随时可用等优点,可以为房产中介公司提供一个新的销售渠道。本文将介绍如何使用乔拓…

代码随想录算法训练营Day4 | 24.两两交换链表中的节点、19.删除链表的倒数第 N 个节点、面试题. 链表相交、142.环形链表II

LeetCode 24 两两交换链表中的节点 本题要注意的条件: 遍历终止条件改变引用指向的时候,需要保存一些节点记录 为了更好的操作链表,我定义了一个虚拟的头节点 dummyHead 指向链表。如下图所示 既然要交换链表中的节点,那么肯定…

小姐姐跳舞,AI 视频生成太酷了

大家好,我是章北海 最近AI视频领域的研究进展神速,看得眼花缭乱。 这里老章就把最近几天看过印象深刻的四个项目介绍给大家,同时附上项目相关简介、论文、代码等资料,感兴趣的同学可以深度研究一下。 《SMPLer-X:放大表达性人体…

uniapp实现地图电子围栏功能

该功能使用uniapp中内置组件map实现 效果图预览&#xff1a; 实现过程&#xff1a; 1.文档&#xff1a; 2.代码&#xff1a; <template><view><map :style"width: 100%; height:screenHeight" :latitude"latitude" :longitude"longit…

04 开发第一个组件

概述 在Vue3中&#xff0c;一个组件就是一个.vue文件。 在本小节中&#xff0c;我们来开发第一个Vue3组件。这个组件的功能非常的简单&#xff0c;只需要在浏览器上输出一个固定的字符串”欢迎跟着Python私教一起学Vue3“即可。 实现步骤 第一步&#xff1a;新增src/compon…

SpringCloud 和 Linux 八股文第一期五问五答

SpringCloud 和 Linux 八股文第一期五问五答 作者&#xff1a;程序员小白条&#xff0c;个人博客 相信看了本文后&#xff0c;对你的面试是有一定帮助的&#xff01; ⭐点赞⭐收藏⭐不迷路&#xff01;⭐ 1.Linux怎么查看文件内容 在 Linux 系统中&#xff0c;有多种方式可以…

mysql8支持远程访问

上面的localhost要改为%号就打开了远程访问 ALTER USER root% IDENTIFIED WITH mysql_native_password BY fengzi2141;

【第1期】SpringSecurity基于角色和权限的细粒度接口权限控制

SpringSecurity 细粒度权限控制 一、Role 和 Authority的区别 角色用来表示某一类权限的集合&#xff0c;权限粒度更小&#xff0c;方便细粒度控制 二、创建用户、角色、权限相关表&#xff1a; CREATE TABLE common_user (id bigint(20) NOT NULL COMMENT 主键id,login_na…

ES查询流程

在ES中查询分为两类&#xff1a;1.基于文档ID查询&#xff0c;2.按照非文档ID查询。 基于文档id查询 1.基于文档ID查询 当执行如下查询时&#xff1a; GET /megacorp/employee/1ES在执行上述查询的具体过程如下&#xff1a; 1、客户端向 Node 1 发送获取请求&#xff0c;此…

【注解和反射】--05 反射的性能对比、反射操作泛型和注解

反射 05 性能对比分析 下面对比了通过普通new方式、反射方式及关闭Java语言安全检测的反射方式三种情况下&#xff0c;程序的性能(所需时间)。 package com.duo.reflection;import java.lang.reflect.InvocationTargetException; import java.lang.reflect.Method;//性能测试…

WPF——命令commond的实现方法

命令commond的实现方法 属性通知的方式 鼠标监听绑定事件 行为&#xff1a;可以传递界面控件的参数 第一种&#xff1a; 第二种&#xff1a; 附加属性 propa&#xff1a;附加属性快捷方式

第25节: Vue3 带组件

在UniApp中使用Vue3框架时&#xff0c;你可以使用组件来封装可复用的代码块&#xff0c;并在需要的地方进行渲染。下面是一个示例&#xff0c;演示了如何在UniApp中使用Vue3框架使用带组件&#xff1a; <template> <view> <button click"toggleActive&q…

解决引入外部文件(图片、js等)出现 403 net::ERR_ABORTED 的问题

页面中引入外网的连接资源&#xff0c;会产生一个新的http请求。为了安全&#xff08;URL里可能包含用户信息&#xff09;&#xff0c;浏览器通常都会给这写请求头加上表示来源的referrer 字段。 因此&#xff0c;此时咱们须要隐藏外部连接中的referrer&#xff0c;在head标签…

React的JSX

React JSX 大家好,欢迎来到 React JSX 的课程。在这一课中,我们将学习如何在 React 中使用 JSX。 什么是 JSX? JSX 是一种 JavaScript 的语法扩展,它看起来很像 XML。 const element = <h1>Hello, world!</h1>;这种看起来可能有些奇怪的标签语法既不是字符…

CCNP课程实验-OSPF-CFG

目录 实验条件网络拓朴需求 配置实现基础配置1. 配置所有设备的IP地址 实现目标1. 要求按照下列标准配置一个OSPF网络。 路由协议采用OSPF&#xff0c;进程ID为89 &#xff0c;RID为loopback0地址。3. R4/R5/R6相连的三个站点链路OSPF网络类型配置成广播型&#xff0c;其中R5路…