简单可行的SeruatV4的安装方案

目前Seurat的版本从V4升级到了V5,由于一些变化,导致当年取巧,使用@获取数据的方法都无法在V5中使用。

建议在操作前重启下Rstudio(或更确切的说是R)!!!

那么如何确保自己能够安装V4的Seurat呢?

首先,我们需要先安装V5版本,让他帮我把一系列的依赖问题都给解决掉

install.packages('Seurat')
# 检查版本
# packageVersion("Seurat")
# [1] ‘5.0.0’

接着,过河拆桥,把V5版本的Seurat和SeuratObject卸载掉

remove.packages(c("Seurat","SeuratObject"))

然后,我们去安装V4的Seurat,这里要指定repos。

install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'))
# 检查版本
# packageVersion("Seurat")
# [1] ‘4.4.0’

该方法在Windows,Linux服务器,M芯片的Mac中中都测试过(其中Linux的Seurat需要编译)。

Image

稍微进阶一些,我们也不需要卸载V5,也可以做到使用V4,只需要在安装的时候,指定一个新的安装路径

dir.create("~/SeuratV4")
# 然后安装的时候,指定安装目录
install.packages('Seurat', repos = c('https://satijalab.r-universe.dev'), lib = "~/SeuratV4")

在使用的时候,.libPaths配置好路径,使得library加载的时候,能够先加载到V4。

.libPaths(c("~/SeuratV4", .libPaths()))
library(Seurat)> packageVersion("Seurat")
[1] ‘4.3.0’

你学会了吗

 

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