NDK代码编译的方式有三种，分别是基于Make的ndk-build，CMake，以及独立工具链。它们的区别如下：

• 基于Make的ndk-build是Android NDK r4引入的一个shell脚本，它使用Android.mk和Application.mk文件来描述编译参数和配置，如指定使用的C++标准，引用的共享库，编译的ABI等。ndk-build会调用NDK自带的编译工具，如gcc，g++，ld等，来生成静态库或动态库。ndk-build的优点是简洁高效，缺点是不够灵活，只能在Android平台上使用。
• 基于CMake的CMake是一种跨平台的编译工具，它使用CMakeLists.txt文件来描述编译参数和配置，如指定源文件，目标库，依赖库，编译选项等。CMake不会直接编译出对象，而是根据不同的平台生成对应的Makefile或project文件，然后再调用底层的编译工具，如make，ninja，cl等，来生成静态库或动态库。CMake的优点是具有跨平台的特性，可以在多种平台上使用，缺点是语法比较复杂，需要学习一定的规则。
• 独立工具链是一种可以在任何平台上使用的编译工具，它使用NDK提供的make-standalone-toolchain.sh脚本来生成一个独立的工具链，包括编译器，链接器，库等。独立工具链可以用来编译任何原生代码，不需要使用Android.mk或CMakeLists.txt文件，也不需要使用ndk-build或CMake命令，只需要使用普通的编译命令，如gcc，g++，ld等，来生成静态库或动态库。独立工具链的优点是最灵活，可以自定义任何编译参数和配置，缺点是最复杂，需要手动管理所有的编译细节。