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图解taxize

  • 1. taxize分解思路
    • 1.1 图解说明
  • 2. 针对不同数据库的函数组
    • 2.1 APGⅢ
    • 2.2 BOLD(barcode of life data system)

1. taxize分解思路

taxize可以帮助人们从许多数据库中获取信息。
在这里插入图片描述
由于要处理的数据库很多,导致taxize包含的功能函数更多。人们可以通过阅读帮助页面和官网文档来浏览和学习这些函数。但是很不幸的是,在我阅读并翻译完官网文档后发现,该文档已经过时了,与帮助页面出入很大。

官方文档的中译内容请见:

  • taxize(第一部分)
  • taxize(第二部分)
  • taxize(第三部分)
  • taxize(第四部分)
  • taxize(第五部分)

为了对taxize的函数有更加清晰明了的了解和快速上手,我将根据不同的数据库来整理各自对应的功能函数,进行分块,最后再对整合式的函数进行整理。我相信这对你我都有很大的帮助。

我们可以直接查看针对目标数据库的所有可用函数。或者查看针对多个数据库的整合式函数。

1.1 图解说明

黄色框内为功能函数
红色框内为必填参数;
蓝色框内为可选参数;
紫色框内为废弃函数;
橙色框内为参数选项。

绿色框内为内在数据。

表格表示函数的结果格式。

2. 针对不同数据库的函数组

有一点需要说明,废弃的函数不会出现在本文中,也不会进行提示。

2.1 APGⅢ

  • 数据库地址:http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/

  • 可用的函数:

    • apgOrders(…)
    • apgFamilies(…)
    • apg_lookup(taxa, rank = “family”)
  • 可用的数据:

    • apg_orders
    • apg_families
  • 图解apg
    在这里插入图片描述

2.2 BOLD(barcode of life data system)

  • 数据库地址:http://www.boldsystems.org/
  • 可用的函数:
    • get_boldid_()
    • get_boldid()
    • as.boldid()
    • bold.ping()
    • bold.search()
    • bold.downstream()
  • 图解bold
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