图解taxize
- 1. taxize分解思路
- 1.1 图解说明
- 2. 针对不同数据库的函数组
- 2.1 APGⅢ
- 2.2 BOLD(barcode of life data system)
1. taxize分解思路
taxize可以帮助人们从许多数据库中获取信息。
由于要处理的数据库很多,导致taxize包含的功能函数更多。人们可以通过阅读帮助页面和官网文档来浏览和学习这些函数。但是很不幸的是,在我阅读并翻译完官网文档后发现,该文档已经过时了,与帮助页面出入很大。
官方文档的中译内容请见:
- taxize(第一部分)
- taxize(第二部分)
- taxize(第三部分)
- taxize(第四部分)
- taxize(第五部分)
为了对taxize的函数有更加清晰明了的了解和快速上手,我将根据不同的数据库来整理各自对应的功能函数,进行分块,最后再对整合式的函数进行整理。我相信这对你我都有很大的帮助。
我们可以直接查看针对目标数据库的所有可用函数。或者查看针对多个数据库的整合式函数。
1.1 图解说明
黄色框内为功能函数
红色框内为必填参数;
蓝色框内为可选参数;
紫色框内为废弃函数;
橙色框内为参数选项。
绿色框内为内在数据。
表格表示函数的结果格式。
2. 针对不同数据库的函数组
有一点需要说明,废弃的函数不会出现在本文中,也不会进行提示。
2.1 APGⅢ
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数据库地址:http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/
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可用的函数:
- apgOrders(…)
- apgFamilies(…)
- apg_lookup(taxa, rank = “family”)
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可用的数据:
- apg_orders
- apg_families
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图解apg
2.2 BOLD(barcode of life data system)
- 数据库地址:http://www.boldsystems.org/
- 可用的函数:
- get_boldid_()
- get_boldid()
- as.boldid()
- bold.ping()
- bold.search()
- bold.downstream()
- 图解bold