如果您已经删除了MongoDB的相关文件，但系统仍然显示已经安装了一个版本，可能是由于之前的MongoDB安装残留导致的。您可以尝试以下步骤来彻底清除MongoDB并重新安装：

1. 卸载MongoDB：使用以下命令卸载MongoDB：

   sudo yum erase mongodb-org mongodb-org-server mongodb-org-shell mongodb-org-mongos mongodb-org-tools
   

2. 删除残留文件：使用以下命令删除MongoDB的残留文件：

   sudo rm -rf /var/log/mongodb
   sudo rm -rf /var/lib/mongo
   

3. 清理存储库配置：删除之前创建的存储库配置文件：

   sudo rm /etc/yum.repos.d/mongodb-org-5.0.repo
   

4. 更新软件包列表：

   sudo yum update
   

5. 安装MongoDB：按照之前提供的方法，使用官方存储库安装MongoDB。

如果您仍然无法成功清除MongoDB并重新安装，请提供更多详细的错误信息或日志内容，以便我们能够更好地帮助您解决问题