在头文件那要有

// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]

即：

#include <Rcpp.h>
#include <RcppEigen.h>
using namespace Rcpp;
using namespace Eigen;// [[Rcpp::depends(RcppEigen)]]
// [[Rcpp::export]]

参考：

r - fatal error: RcppEigen.h: No such file or directory - Stack Overflow

r - fatal error : RcppEigen. h:没有这样的文件或目录 - IT工具网 (coder.work)（是第一个参考的中文翻译）