5+非肿瘤+细胞凋亡相关生信思路,请自行查阅


今天给同学们分享一篇生信文章“Genome-wide identification and functional analysis of dysregulated alternative splicing profiles in sepsis”,这篇文章发表在J Inflamm (Lond)期刊上,影响因子为5.1。

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结果解读:

脓毒症患者和健康对照中脓毒症相关AS的鉴定(图1)

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不同组细胞凋亡相关基因动态AS事件的检测

接下来,作者将AS的分析结果与RNA-seq表达的结果相结合。作者观察到,IFI27和SHISA5都是凋亡相关基因,受5pMXE AS模式控制,与健康组和感染组相比,在脓毒症中表现出显著的差异表达水平(图2A)。此外,感染性休克中外显子保留事件的频率高于脓毒症,因此表明外显子保持事件与脓毒症的严重程度密切相关。重要的是,在脓毒症患者中,当比较健康组和感染组时,IFI27和SHISA5的AS比率显著不同。总之,这些结果表明,细胞凋亡相关基因被全局激活,并显示出不同的AS模式,这可能是脓毒症的潜在靶点。

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脓毒症患者和健康供体中差异表达的RNA结合蛋白(DE-RBP)

DEG的分析揭示了不同组中与RNA结合蛋白相关的统计学意义。健康对照组和患者根据PCA中的基因表达率进行了明确的区分。然而,轻度感染、脓毒症和脓毒症休克组不能明确区分(图第3A段)。RBPs的数量与感染的严重程度有关;差异表达的RNA结合蛋白的比例在脓毒症休克中最高;这明显高于所有其他组(图第3B段)。每组中RBP的差异表达模式如图3C中的热图所示,包括疾病组和健康组之间显示显著差异的RBP;感染性休克组和脓毒症组之间没有统计学上的显著差异。

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脓毒症患者和健康供体中AS事件与RBP基因的协调

AS事件和RBP基因之间的显著相互作用在与细胞凋亡相关的GO生物学过程术语中特别富集(图4A)。与对照组中观察到的表达相比,脓毒症组中存在的DDX24、CBFA2T2、NOP、ILF3、DNMT1、FTO、PPRC1和NOLC1的表达水平显著降低(图第4B段)。为了验证在GSE154918 RNA-seq数据中观察到的脓毒症相关RBP基因的表达变化,来自共表达网络的八个RBP和两个高度共表达的AS相关基因使用从脓毒症患者和正常对照获得的血液样本进行了qRT-PCR验证。

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总结

在本研究中,作者描述了AS的特征,并描述了与AS相关的基因在脓毒症中的功能。此外,我们确定了RBPs在脓毒症进展中的重要作用。此外,RASG的功能途径与细胞凋亡途径、催化活性的调节和细胞凋亡的正调控有关。还生成了RBP-RAS-RASG网络的功能路径图,代表了一种新的基于RBP的转录后网络,该网络将脓毒症的进展和脓毒症微环境中的免疫调节联系起来。特别是,这些转录物编码分泌因子,这些分泌因子不仅限制脓毒症的转移,而且重塑脓毒症免疫微环境以抑制免疫功能。剪接因子的改变,包括转录改变,以及它们在脓毒症发展中的功能影响,已经被广泛研究。

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