SRA ToolKit (sra-tools) 的安装和使用

文章目录

    • 前言
    • 从哪里下载 SRA ToolKit
    • 如何安装
    • 怎么用

前言

事情的起因是从NCBI SRA Database下载数据时的一个报错:
  path not found while resolving tree within virtual file system module - 'SRR17******' cannot be found

上次下载数据的时候还是上次,并没有遇到这个问题,所以果断去GitHub搜了搜,提到两个解决方案:

  1. 借助NCBI的 https 或者 ftp 网址,使用wgetcurl等同类工具替代下载
  2. 更新sra-tools

没错,我选择第二种解决方案,记录一下😑
触发关键词:Ubuntu系统、非root用户、安装sra-tools

从哪里下载 SRA ToolKit

两种选择:

  • 从NCBI主页进去下载界面
    打开NCBI,点击图示的Download,再点击新页面的 Download Tools,然后就会看见SRA Toolkit的下载,点击进去就会到对应系统的下载界面
      在这里插入图片描述
  • 直接访问下载界面:https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/01.-Downloading-SRA-Toolkit
    在这里插入图片描述

我直接右键Ubuntu那个,然后复制链接 ,https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz,反手一个wget下载到我想安装的位置

如何安装

下载到我想要位置并解压,操作:

mkdir ~/utils/sra_tools && cd ~/utils/sra_tools
## 下载解压
wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/3.0.7/sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.3.0.7-ubuntu64.tar.gz
## 我改了个名
mv sratoolkit.3.0.7-ubuntu64 sratoolkit_307 

解压好的目录下有:

到这里就完成 90% 了,最后将这个bin添加到环境中就OK了

# ZSH
echo "export PATH=$HOME/utils/sra_tools/sratoolkit_307/bin:$PATH" >> ~/.zshrc
source ~/.zshrc
# 或者 Bash
echo "export PATH=$HOME/utils/sra_tools/sratoolkit_307/bin:$PATH" >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

至此,SRA ToolKit中的工具就可以用了
在这里插入图片描述

怎么用

以下载双端测序SRR9974623为例:

# 下载 sra 格式文件
prefetch SRR17510933
# 转换问fastq格式
fastq-dump --split-files SRR17510933 
## 或者
fastq-dump --split-3 SRR17510933

详细细节,看帮助文档就好了!!!

本文来自互联网用户投稿,该文观点仅代表作者本人,不代表本站立场。本站仅提供信息存储空间服务,不拥有所有权,不承担相关法律责任。如若转载,请注明出处:http://www.mzph.cn/news/124887.shtml

如若内容造成侵权/违法违规/事实不符,请联系多彩编程网进行投诉反馈email:809451989@qq.com,一经查实,立即删除!

相关文章

Kafka设计原理详解

Kafka核心总控制器Controller 在Kafka集群中会有一个或者多个broker,其中有一个broker会被选举为控制器(Kafka Controller),它负责管理整个集群中所有分区和副本的状态。 当某个分区的leader副本出现故障时,由控制器…

Leetcode刷题详解——下降路径最小和

1. 题目链接:931. 下降路径最小和 2. 题目描述: 给你一个 n x n 的 方形 整数数组 matrix ,请你找出并返回通过 matrix 的下降路径 的 最小和 。 下降路径 可以从第一行中的任何元素开始,并从每一行中选择一个元素。在下一行选择…

SpringBoot集成与应用Neo4j

文章目录 前言集成使用定义实体配置定义Repository查询方法方式一:Query方式二:Cypher语法构建器方式三:Example条件构建器方式四:DSL语法 自定义方法自定义接口继承自定义接口实现自定义接口neo4jTemplateNeo4jClient 自定义抽象…

Visual Studio(VS)C++项目 管理第三方依赖库和目录设置

发现很多程序员存在这种做法:把项目依赖的第三方库的lib和dll放在项目目录下,或者复制到输出目录,因为每种配置都有不同的输出目录,所以要复制多份(至少包括Debug和Release两个输出目录),这些做…

MySQL -- 表的增删查改

MySQL – 表的增删查改 文章目录 MySQL -- 表的增删查改一、Create创建1.插入数据2.插入否则更新3.替换 二、Retrieve查找1.select列1.1.全列查询1.2.指定列查询1.3.查询字段为表达式1.4.为查询结果指定别名1.5.结果去重 2.where条件2.1.英语不及格的同学&#xff08;英语<6…

MA网络下,静态路由仅配出接口,不配下一跳是否可行

在MA网络模式下&#xff0c;静态路由只配置出接口&#xff0c;不配置下一跳地址是否可行 如下拓扑图&#xff1a; 如图所示&#xff0c;在R1上配置一条去往4.4.4.4的静态路由&#xff0c;此时如果静态路由只配置出接口&#xff0c;不配置下一跳地址&#xff1a; ip route-stat…

山河CTF(部分write up)

MISC [WEEK1]签到题 下载题目并打开&#xff1a; base128编码&#xff1a; Wm14aFozdDBhR2x6WDJselgyWnNZV2Q5 因为是base128编码&#xff0c;所以通过两次base64解码&#xff0c;即可得出flag 爆出flag&#xff1a; flag{this_is_flag} 总结&#xff1a; 这道签到题主要考察了…

Linux MeterSphere测试平台远程访问你不会?来试试这篇文章

&#x1f3ac; 鸽芷咕&#xff1a;个人主页 &#x1f525; 个人专栏:《粉丝福利》 《C语言进阶篇》 ⛺️生活的理想&#xff0c;就是为了理想的生活! 文章目录 前言1. 安装MeterSphere2. 本地访问MeterSphere3. 安装 cpolar内网穿透软件4. 配置MeterSphere公网访问地址5. 公网…

[C++]命名空间等——喵喵要吃C嘎嘎

希望你开心&#xff0c;希望你健康&#xff0c;希望你幸福&#xff0c;希望你点赞&#xff01; 最后的最后&#xff0c;关注喵&#xff0c;关注喵&#xff0c;关注喵&#xff0c;大大会看到更多有趣的博客哦&#xff01;&#xff01;&#xff01; 喵喵喵&#xff0c;你对我真的…

目标检测 YOLOv5 预训练模型下载方法

目标检测 YOLOv5 预训练模型下载方法 flyfish https://github.com/ultralytics/yolov5 https://github.com/ultralytics/yolov5/releases 可以选择自己需要的版本和不同任务类型的模型 后缀名是pt

MongoDB的安装

MongoDB的安装 1、Windows下MongoDB的安装及配置 1.1 下载Mongodb安装包 下载地址&#xff1a; https://www.mongodb.com/try/download http://www.mongodb.org/dl/win32 MongoDB Windows系统64位下载地址&#xff1a;http://www.mongodb.org/dl/win32/x86_64 MongoDB W…

python采集电商jd app商品详情数据(2023-10-30)

一、技术要点&#xff1a; 1、cookie可以从手机app端用charles抓包获取&#xff1b; 2、无需安装nodejs&#xff0c;纯python源码&#xff1b; 3、商品详情接口为&#xff1a;functionId "wareBusiness"&#xff1b; 4、clientVersion "10.1.4"同…

java阵道之适配器大阵

开个玩笑&#xff0c;这里是一篇适配器模式讲解 定义&#xff1a; 适配器模式将某个类的接口转换成客户端期望的另一个接口表示&#xff0c;目的是消除由于接口不匹配所造成的类的兼容性问题。 主要分为三类&#xff1a;类的适配器模式、对象的适配器模式、接口的适配器模式。…

【原创】java+swing+mysql志愿者管理系统设计与实现

摘要&#xff1a; 志愿者管理系统是一个用于管理志愿者以及活动报名的系统&#xff0c;提高志愿者管理的效率&#xff0c;同时为志愿者提供更好的服务和体验。本文主要介绍如何使用javaswingmysql去实现一个志愿者管理系统。 功能分析&#xff1a; 系统主要提供给管理员和志…

洞察运营机会的数据分析利器

这套分析方法包括5个分析工具&#xff1a; 用“描述性统计”来快速了解数据的整体特点。用“变化分析”来寻找数据的问题和突破口。用“指标体系”来深度洞察变化背后的原因。用“相关性分析”来精确判断原因的影响程度。用“趋势预测”来科学预测未来数据的走势&#xff0c;

少儿编程 2023年9月中国电子学会图形化编程等级考试Scratch编程四级真题解析(选择题)

2023年9月scratch编程等级考试四级真题 选择题(共25题,每题2分,共50分) 1、角色为一个紫色圆圈,运行程序后,舞台上的图案是 A、 B、 C、 D、 答案:A

阿里云推出通义千问App,提供全方位的协助

&#x1f989; AI新闻 &#x1f680; 阿里云推出通义千问App&#xff0c;提供全方位的协助 摘要&#xff1a;阿里云旗下大模型通义千问App登陆各大安卓应用市场&#xff0c;具有超大规模预训练模型&#xff0c;可在创意文案、办公助理、学习助手、趣味生活等方面协助用户。功…

Redis测试新手入门教程

在测试过程中&#xff0c;我们或多或少会接触到Redis&#xff0c;今天就把在小破站看到的三丰老师课程&#xff0c;把笔记整理了下&#xff0c;用来备忘&#xff0c;也希望能给大家带来亿点点收获。 主要分为两个部分&#xff1a; 一、缓存技术在后端架构中是如何应用的&#…

10.31一些代码分析,香浓展开,移位器(桶形多位),二进制转格雷码

always的block之间&#xff0c;采用并行执行 always之内&#xff0c;采用非阻塞赋值&#xff0c;为顺序执行 一些代码分析 这个把使能信号和W信号组合在一起&#xff0c;进行case语句&#xff0c;即只有合并信号最高位为1时&#xff0c;才进行操作 always后面要写&#xff0…

非科班出身的野生Android也可以跳到大厂

野生Android从业者&#xff0c;非科班出身&#xff0c;在小公司打杂2年后&#xff0c;"意外"地拿到了大厂的offer。 高中毕业后&#xff0c;我选择了一条不太寻常的路&#xff0c;&#xff08;花大几万&#xff09;进入编程培训班&#xff0c;后来又自修课程&#xf…