2024-AIDD-人工智能药物设计-使用的软件包和网络服务器

Python 软件包

  • 化学信息学和结构生物信息学:
    • rdkit: http://rdkit.org/
    • openbabel: https://openbabel.org/
    • mdanalysis: https://www.mdanalysis.org/
    • biopython: https://biopython.org/
    • biopandas: https://biopandas.github.io/biopandas/
    • opencadd: https://opencadd.readthedocs.io/en/latest/
    • plip: https://github.com/pharmai/plip
    • openff: https://github.com/openforcefield/openff-toolkit
    • openff-toolkit: https://github.com/openforcefield/openff-toolkit
    • openmmforcefields: https://github.com/openmm/openmmforcefields
    • pdbfixer: https://github.com/openmm/pdbfixer
    • mdanalysis: https://www.mdanalysis.org/
    • biotite: https://www.biotite-python.org/
    • smina: https://sourceforge.net/p/smina/discussion/
  • 深度学习
  • pytorch: https://pytorch.org/
  • pyg: https://pyg.org/
  • 数据科学(PyData 栈):
    • numpy: https://numpy.org/
    • pandas: https://pandas.pydata.org/
    • scikit-learn: https://scikit-learn.org/
    • keras: https://keras.io/
    • jupyter: https://jupyter.org/
    • ipywidgets: https://ipywidgets.readthedocs.io
  • 数据可视化:
  • matplotlib: https://matplotlib.org/
  • mpl_toolkits: https://matplotlib.org/stable/api/toolkits/mplot3d.html
  • matplotlib_venn: https://github.com/konstantint/matplotlib-venn
  • seaborn: https://seaborn.pydata.org/
  • nglview: http://nglviewer.org/nglview/latest/
  • 网络服务客户:
  • pypdb: https://github.com/williamgilpin/pypdb
  • chembl_webresource_client: https://github.com/chembl/chembl_webresource_client
  • requests: https://requests.readthedocs.io/en/latest/
  • bravado: https://bravado.readthedocs.io/en/stable/
  • beautifulsoup4: https://www.crummy.com/software/BeautifulSoup/bs4/doc/
  • 公用设施
  • tqdm: https://tqdm.github.io/
  • requests_cache: https://requests-cache.readthedocs.io
  • redo: https://github.com/mozilla-releng/redo
  • google-colab: https://pypi.org/project/google-colab/
  • condacolab: https://pypi.org/project/condacolab/
  • 持续集成:
  • pytest: https://docs.pytest.org
  • nbval: https://nbval.readthedocs.io
  • 文件:
  • sphinx: https://www.sphinx-doc.org
  • nbsphinx: https://nbsphinx.readthedocs.io
  • 代码样式:
  • black-nb: https://github.com/tomcatling/black-nb

数据库和网络服务器

  • ChEMBL: https://www.ebi.ac.uk/chembl/
  • RCSB PDB: https://www.rcsb.org/
  • KLIFS: https://klifs.net/
  • PubMed: https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
  • ProteinsPlus: https://proteins.plus/

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