在生信分析中，从生物学数据库中下载的序列存放在哪里？要不要建立一个小型数据库，或者存放在Gitee上？

李升伟整理

在Galaxy平台中使用时，从NCBI等生物学数据库下载的DNA序列的存储位置和管理方式需要根据具体的工作流程和需求进行调整。以下是详细的分步说明和建议：

一、Galaxy中DNA序列的默认存储位置

在Galaxy的“历史记录”（History）中

默认存储：通过Galaxy工具下载的原始数据文件（如FASTA格式的DNA序列）会保存在当前用户的 “History” 中。
临时性：在公共Galaxy实例（如 usegalaxy.org）上，历史记录通常会在长时间不操作后被自动清除（如90天）。
查看方式：点击右侧面板的“History”，即可查看所有已上传或生成的文件。

永久保存方法

导出到本地：

在历史记录中，点击目标文件右侧的 “⋮” → “Download” 直接保存到本地。

导出到Galaxy云存储（若配置了云服务）：

支持AWS S3、Google Cloud等选项，需在用户设置中绑定账户。

二、是否需要建立数据库或使用代码托管平台（如Gitee）？

这取决于以下需求：

1.数据量和访问频率

小型项目：单次分析或少量数据（<10GB）可直接保存在本地或Galaxy历史中。
大型项目：定期更新或海量序列数据，建议使用结构化存储（如数据库或云存储）。

2.协作与版本控制

若涉及团队合作或数据共享，需考虑Git平台（如Gitee、GitHub），但需注意：

基因序列文件大：Git管理大文件效率低，推荐使用 Git LFS（大文件存储扩展）或跳过Git。
权限控制：Gitee/GitHub的私有仓库可设置访问权限。

3.数据长期保存与复用性

自建数据库（如MySQL、SQLite）：适合需要频繁查询或关联其他数据的场景，例如建立物种序列的索引。
云存储（如阿里云OSS、腾讯云COS）：适合长期存储，支持按需付费和快速下载。

三、推荐的存储和管理方案

方案1：本地存储 + 云备份

步骤：

从Galaxy历史记录中下载文件到本地。
使用压缩工具归档（如.zip或.tar.gz）。
备份到网盘（如百度云、Google Drive）或同步工具（如Syncthing）。

优点：

简单、免费，适合少量数据。

方案2：Git平台（Gitee/GitHub） + Git LFS

步骤：

在Gitee创建私有仓库。
安装并配置 Git LFS：

Bash1git lfs install
2git lfs track "*.fasta"  # 管理FASTA文件
3git add .gitattributes
4git commit -m "Track DNA sequences with LFS"

将DNA序列文件推送到仓库。

优点：支持版本控制，适合协作和文档化管理。
缺点：免费仓库的存储空间有限（Gitee：单个文件 ≤ 50MB，LFS空间需购买）。

方案3：自建小型数据库（SQL/NoSQL）

工具选择：

轻量级：SQLite（无需服务器，单文件）。
高性能：MySQL/PostgreSQL（需部署服务器）。
灵活结构：MongoDB（JSON格式存储序列元数据）。

示例（SQLite）：

创建数据库表存储序列信息

：

SQL1CREATE TABLE sequences (
2    id INTEGER PRIMARY KEY,
3    species TEXT,
4    accession TEXT UNIQUE,
5    sequence TEXT,
6    source_db TEXT CHECK(source_db IN ('NCBI', 'Ensembl'))
7);