R语言学习笔记之开发环境配置

一、概要

整个安装过程及遇到的问题记录

	操作步骤	备注（包含遇到的问题）
1	下载安装R语言
2	下载安装RStudio
3	离线安装pacman	提示需要安装Rtools
4	安装Rtools	pacman、tidyfst均离线安装完成
5	加载tidyfst报错	提示需要安装依赖，试错逐步下载并安装依赖包： data.table fst Rcpp fstcore stringr rlang stringi glue lifecycle magrittr

二、R语言下载安装

下载地址	The Comprehensive R Archive Network

三、RStudio下载安装

下载地址	Download RStudio \| The Popular Open-Source IDE from Posit

四、rtools下载安装

下载地址	RTools: Toolchains for building R and R packages from source on Windows

	注意需要与R语言的版本相匹配

roots未安装时执行三方库安装的错误信息：

五、三方库离线安装

1、三方库下载

下载地址	Index of /bin/windows/contrib/4.4

执行install.packages命令，查看日志，可以找到下载地址

2、命令离线安装

install.packages("F:/R/libs/fstcore_0.9.18.zip" ,repos=NULL,type="source")

使用命令安装三方库后，可以看到如下日志信息：

> install.packages("F:/R/libs/fstcore_0.9.18.zip", repos = NULL, type = "source")
package 'fstcore' successfully unpacked and MD5 sums checked

3、使用RStudio离线安装三方库

使用RStudio安装三方库后，可以看到如下日志信息：

> install.packages("F:/R/libs/Rcpp_1.0.14.zip", repos = NULL, type = "win.binary")
程序包‘Rcpp’打开成功，MD5和检查也通过

六、包的相关操作命令

有2种方式都可以实现对包的管理。

对tidyfst包的管理：

安装：计算机把软件包从网络下载到本地并编译的过程(install.packages)，这个过程必须联网；

加载：把本地已经安装好的软件包加载到环境中去(library)。

卸载：把联网下载的包从本地移除(remove.packages)，

清除：是把已经加载的包从环境中清除(detach)，但是在本地中依然存在

# 安装包
install.packages("tidyfst")# 加载包
library(tidyfst)# 卸载包
remove.packages("tidyfst")# 如果没有安装，就安装；否则，先安装再进行加载
if(!require(tidyfst)){install.packages("tidyfst")library(tidyfst)
}# 清除包
detach("package:tidyfst")

使用pacman包进行更加便捷的实现对tidyfst包的管理：

# 如果没有安装，就安装；否则，先安装再进行加载
if(!require(pacman)){install.packages("pacman")library(pacman)
}# 安装包
p_install(tidyfst)# 加载包
p_load(tidyfst)# 卸载包
p_delete(tidyfst)# 如果没有安装，就安装；否则，先安装再进行加载
p_load(tidyfst)# 清除包
p_unload(tidyfst)

七、tidyfst包加载问题

以下两种方式加载tidyfst均报错，从第一种方式很容易看出是缺少依赖的程序包，data.table。之后就是不停的试错，直到所有的依赖全部安装完成。

不要单纯的从第二种加载方式的错误就认为是tidyfst版本与R语言版本不匹配。

> library(tidyfst)
错误: package or namespace load failed for ‘tidyfst’ in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 不存在叫‘data.table’这个名称的程序包

> library(pacman)
> p_load(tidyfst)
警告: 无法在貯藏處https://cran.rstudio.com/src/contrib中读写索引:无法打开URL'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
警告: 无法在貯藏處http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib中读写索引:无法打开URL'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES'
警告: 无法在貯藏處https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.4中读写索引:无法打开URL'https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.4/PACKAGES'
警告: 无法在貯藏處http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/4.4中读写索引:无法打开URL'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/bin/windows/contrib/4.4/PACKAGES'
错误: Bioconductor version cannot be validated; nointernet connection?  See #troubleshooting sectionin vignette
此外: 警告信息:
package ‘tidyfst’ is not available for this version of RA version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages 
警告: 无法在貯藏處https://cran.rstudio.com/src/contrib中读写索引:无法打开URL'https://cran.rstudio.com/src/contrib/PACKAGES'
警告: 无法在貯藏處http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib中读写索引:无法打开URL'http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin/src/contrib/PACKAGES'