NiChart 多模态神经影像(structural MRI,functional MRI,and diffusion MRI)处理和分析工具包安装

NiChart多模态神经影像部署

  • NiChart 本地安装
      • Git clone 问题
      • personal access token PAT 问题
  • NiChart 云端注册
      • AWS验证问题

在这里插入图片描述
NiChart 是UPenn大学,Christos Davatzikos教授开发的一个多模态MRI影像,structural (sMRI), diffusion (dMRI), and functional (fMRI) data处理和分析工具包。

  • 在数据处理部分,除了集成了QSIPrep,fMRIPrep,还包括Christos教授 几十年来开发的众多工具,包括多站点数据的Harmonization,DLICV,DLMUSE,DLWMLS分割工具。
  • 在数据分析部分,集成一系列的ML models用来应对个体的heterogeneity,从而在brain aging and neurodegeneration, and atrophy的研究中提高生物标记提取的可靠性。

软件同时包含本地(https://github.com/CBICA/NiChart_Project.git)和云端(https://neuroimagingchart.com/portal/)和两个版本,可以方便调用。

NiChart 本地安装

Git clone 问题

第一个碰到的问题是有关Git的,会报如下fatal: early EOF错误,需要首先增加 git config --global http.postBuffer 1000000000 (~1 GB),[ref1],采用github desktop下载可能问题会更少一些。

git clone https://github.com/CBICA/NiChart_Project.git
Cloning into 'NiChart_Project'...
remote: Enumerating objects: 8296, done.
remote: Counting objects: 100% (918/918), done.
remote: Compressing objects: 100% (392/392), done.
error: RPC failed; curl 18 transfer closed with outstanding read data remaining
fatal: The remote end hung up unexpectedly
fatal: early EOF
fatal: index-pack failed

personal access token PAT 问题

在用github安装时,会报错。Depending on your repository’s hosting service, you might need to use a personal access token (PAT) as your password.
这时在这里登陆没用,还会重新报错,需要配置PAT密码,如ref2。

NiChart 云端注册

AWS验证问题

注册后,输入验证码可能会遇到下面failed to confirm的问题。而且在这时,千万不要刷新浏览器,否则就会跳错,这个注册邮箱就没法用了。
这时正确的做法是,再新开一个浏览器,例如Edge,然后把地址粘贴进去,然后输入验证码,跳第三个图的401错误。实际上这时已经注册成果。
然后,重新打开链接,就能登录系统了,如Fig 4。
Fig 1Fig 2
Fig 3

Fig 4

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