GWASinspector简单教程

在进行GWAS meta分析前,对GWAS summary data数据进行QC非常重要,最近文章提出了一个pipeline可以进行相关的操作:GWASinspector(文章连接:GWASinspector: comprehensive quality control of genome-wide association study results | Bioinformatics | Oxford Academic;包的连接:http://gwasinspector.com/.;包的manual:https://cran.r-project.org/web/packages/GWASinspector/GWASinspector.pdf)。操作还是非常简单的。

1.安装包,官网介绍上非常详细了。

install.packages('GWASinspector')#这里需要检测一下是否包所依赖的其他包是否安装成功。

2.reference panel 官网上也提供了好几个版本(https://gwasinspector.com/#download)

安装自己需要下载就行。

3.Eeffect size reference panel 需要根据自己的需要进行准备:一般是选用GWAS catalog 网站上以前已表的GWAS数据(这个文件不是必须的,不准备也可以)。

4.准备config.ini文件。这个要根据需要对里面的内容进行修改。

setwd('H:\\Fatty_acids\\Taurine\\GWASinspector_1.7.1\\')
library(GWASinspector)
get_headerTranslation("./reference/")
job <- setup_inspector("./config.ini")
job <- run_inspector(job)

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